Escavações arqueológicas indicam que as pessoas estão na ilha de Nova Guiné há cerca de 60.000 anos. Os primeiros colonizadores provavelmente chegaram lá por mar, vindos do Sudeste Asiático, durante a Idade do Gelo. Em termos de contato com os europeus, os primeiros marinheiros a chegar à Nova Guiné foram os portugueses e espanhóis no início do século XVI. Eles negociaram com os habitantes locais, trocando cerâmica, conchas, alimentos e recursos florestais. O famoso explorador português Jorge de Menezes foi provavelmente o primeiro a chegar à costa da Nova Guiné em 1526-1527. Ao mesmo tempo, os espanhóis, em especial Álvaro de Mendaña, também exploraram a região na década de 1560. Apesar das explorações dos navegadores espanhóis e portugueses, suas bandeiras não se estabeleceram no território da Nova Guiné, pois esses estados não exerciam controle político ou militar de longo prazo sobre as ilhas.

No século XVII, os holandeses exploraram ativamente a região e mapearam sistematicamente a Nova Guiné. Em 1623, o navegador holandês Jan Carstens visitou a costa sul da Nova Guiné. Entretanto, como no caso dos espanhóis e portugueses, os holandeses não estabeleceram uma colônia permanente e, portanto, não fincaram sua bandeira no território. Os britânicos também fizeram expedições a Papua Nova Guiné antes da declaração oficial do protetorado em 1884. Um dos exploradores mais famosos foi o capitão James Cook, que visitou ilhas vizinhas, como a Nova Irlanda, em 1774, em sua segunda viagem ao Pacífico.

Embora Cook não tenha aterrissado na Nova Guiné, ele influenciou a exploração britânica e os esforços coloniais posteriores. Nos séculos XVIII e XIX, exploradores franceses também viajaram para Papua Nova Guiné. Por exemplo, Louis Antoine de Bougainville realizou pesquisas no Pacífico na década de 1760. Embora ele não tenha fincado sua bandeira na ilha, sua expedição fez parte de um interesse francês mais amplo na região. A partir de 1884, o território da atual Papua Nova Guiné tornou-se objeto de domínio colonial de duas potências, a Grã-Bretanha e a Alemanha. Era impossível que dois estados governassem simultaneamente o mesmo território, portanto, o território foi dividido em:
- Nova Guiné Britânica: A Grã-Bretanha governou a parte sudeste da Nova Guiné, incluindo o território conhecido hoje como Papua;
- Nova Guiné Alemã: A Alemanha controlava a parte nordeste da ilha, incluindo as ilhas adjacentes que hoje fazem parte de Papua Nova Guiné.
A bandeira da Nova Guiné Britânica era a Union Jack, e a bandeira da Nova Guiné Alemã era a bandeira da Alemanha Imperial (tricolor preta, branca e vermelha), hasteada no cantão, com um leão preto segurando um lírio heráldico vermelho no lado direito da bandeira. O leão simboliza força e poder, e o lírio heráldico simboliza nobreza e pureza.

Além da Union Jack britânica usual, há bandeiras coloniais britânicas que têm um desenho típico: a Union Jack no canto superior esquerdo (cantão) e vários símbolos, letras ou brasões no lado direito da bandeira (geralmente em um fundo azul ou vermelho). Essas bandeiras também foram usadas no território da moderna Papua Nova Guiné:
- “N.G.” (Nova Guiné): Essa bandeira era usada para indicar o território da Nova Guiné Britânica e a administração britânica. A bandeira tinha um fundo tradicional azul ou vermelho (dependendo da finalidade: vermelho para a marinha civil e azul para as agências governamentais) com a Union Jack no cantão. No lado direito da bandeira, havia as letras “N.G.” - uma abreviação de “New Guinea” (Nova Guiné);

- “B.N.G.” (Nova Guiné Britânica): Essa versão da bandeira representava a “Nova Guiné Britânica”, que se tornou uma colônia oficial em 1888. O desenho era semelhante ao da versão anterior: A Union Jack no cantão e as letras “B.N.G.” no lado direito da bandeira;
- “T.N.G.” (Território da Nova Guiné): Após a Primeira Guerra Mundial, quando a Nova Guiné Alemã ficou sob o mandato da Liga das Nações, o território foi transferido para a administração australiana como o “Território da Nova Guiné”. A bandeira usada nesse território era um desenho tradicional britânico com a letra “T.N.G.” em um fundo azul, simbolizando “Território da Nova Guiné”;

- “PAPUA”: A bandeira com a inscrição “PAPUA” era usada para denotar o Território de Papua, que incluía a parte sudeste da Nova Guiné depois que ficou sob administração australiana em 1906. Essa bandeira simbolizava a administração do território sob o mandato australiano.
Durante a Segunda Guerra Mundial, em 1941, o Japão já controlava territórios significativos na Ásia, incluindo as Filipinas, a Indonésia e as ilhas do Oceano Pacífico. Como parte de seu plano de expansão, o exército japonês lançou uma invasão da Nova Guiné no início de 1942. Seu primeiro sucesso foi a captura de Rabaul, na ilha de New Britain, em janeiro de 1942, que rapidamente se tornou a principal base militar japonesa na região. O Japão ganhou o controle de cidades como Madang, Vevak e Buna, enquanto a parte sul da Nova Guiné, incluindo Port Moresby, permaneceu sob o controle dos Aliados, que conseguiram deter as forças japonesas na Batalha do Mar de Coral e durante a campanha da Estrada de Kokoda. A bandeira japonesa, conhecida como Hinomaru (日の丸), foi hasteada nos territórios ocupados.

Uma das batalhas mais importantes foi a Batalha de Mila Bay, em agosto de 1942, quando as tropas japonesas foram derrotadas pelas forças australianas e americanas. A Campanha da Estrada de Kokoda, que durou de julho a novembro de 1942, foi uma das batalhas mais difíceis na Frente do Pacífico, quando os japoneses tentaram capturar Port Moresby, mas foram derrotados. Em 1943, os Aliados lançaram uma contraofensiva em grande escala, expulsando gradualmente as tropas japonesas da Nova Guiné. No final de 1944, as principais forças japonesas foram derrotadas ou recuaram, e os territórios da Nova Guiné foram liberados da ocupação. Após a guerra, Papua Nova Guiné voltou ao controle da Austrália, que a governou até a independência em 1975.

Assim, a última bandeira usada até a adoção da bandeira moderna em 1971 foi a bandeira australiana. Mas ela foi usada por vários períodos:
- Território de Papua (1906-1949): Em 1906, a Nova Guiné Britânica foi colocada sob administração australiana e mudou seu nome para Território de Papua. A bandeira nacional australiana foi usada para fins oficiais em todo o território, em prédios administrativos, escritórios do governo e durante eventos oficiais;
- Território da Nova Guiné (1919-1949): Após a Primeira Guerra Mundial, quando a Nova Guiné Alemã foi colocada sob o mandato da Liga das Nações e ficou sob administração australiana, a bandeira nacional australiana também foi usada nesse território;
- A Administração Unida de Papua e Nova Guiné (1949-1975): Em 1949, os territórios de Papua e Nova Guiné foram unidos em uma única unidade administrativa, o Território de Papua e Nova Guiné. Durante esse período, a bandeira australiana continuou sendo a principal bandeira oficial.