Em meados do século XIX, Samoa atraiu a atenção das potências europeias que buscavam expandir sua influência na região do Pacífico. A bandeira usada em Samoa durante esse período era um campo vermelho com um crescente branco e uma estrela, lembrando a bandeira otomana da mesma época, embora não haja evidência direta da influência do Império Otomano em Samoa, e ela não tinha status oficial.

Em 1873, a Alemanha, a Grã-Bretanha e os Estados Unidos começaram a expandir ativamente sua influência em Samoa, fechando acordos comerciais com chefes locais e abrindo seus próprios postos comerciais. Além das bandeiras das potências europeias, Samoa também tinha bandeiras locais usadas por vários chefes para promover a afiliação a uma determinada potência colonial.
Desde 1875, tem sido usada uma bandeira vermelha com uma cruz branca e uma estrela branca no cantão. Ela foi reconhecida por pessoas que apoiavam Malietoa Laupepa como o chefe supremo de Tuamasaga (um distrito administrativo de Samoa localizado na parte central da ilha de Upolu).

Malietoa Laupepa foi proclamado rei de Samoa em 1868 sob a influência do cônsul britânico e foi coroado pela primeira vez em 1875. No entanto, isso não foi aceito pelas facções Tumua Atua e Aana (embora elas o tivessem apoiado anteriormente), que posteriormente formaram seu próprio governo liderado por Tupua Tamasese. Em 1887, os militares alemães forçaram Malietoa Laupepa e outros chefes a assinar um documento proclamando Tui A'ana Tupua Tamasese Titimaea como o rei de Samoa. A bandeira de Tupua Tamase era um campo branco com uma cruz preta sobre a cruz branca de Laupepa e uma estrela branca de cinco pontas em um cantão vermelho, tornando as cores alemãs ainda mais proeminentes. Em 1888, uma guerra civil eclodiu contra Tamase e seus aliados alemães, levando à assinatura do Ato Geral de Berlim, de 14 de junho de 1889, pela Alemanha, Grã-Bretanha e Estados Unidos, que proclamou Laupepa rei novamente e fez com que sua bandeira vermelha e branca voltasse a ser usada.

Em 1900, após a divisão de Samoa entre as potências coloniais, Samoa Ocidental ficou sob o controle do Império Alemão. Durante esse período, foi usada uma bandeira padrão para as possessões coloniais alemãs: a bandeira do Império Alemão, chamada de “Reichsadler”. Essa bandeira consiste em três listras horizontais: preta, branca e vermelha, como um símbolo da unidade alemã, com um emblema de águia preta no centro. A águia representa a grandeza imperial e a soberania, e a coroa em sua cabeça enfatiza o status da Alemanha como uma poderosa monarquia. A águia imperial foi usada no território de Samoa até 1914, quando foi ocupada pelas tropas da Nova Zelândia.

A Nova Zelândia invadiu Samoa no início da Primeira Guerra Mundial, em 29 de agosto de 1914. Até 1920, a atual bandeira da Nova Zelândia era usada: um tecido azul com a Union Jack no cantão e quatro estrelas vermelhas do Cruzeiro do Sul cercadas por um contorno branco. Em 28 de junho de 1919, foi assinado o Tratado de Versalhes, segundo o qual os antigos territórios alemães de Samoa ficaram sob o mandato da Liga das Nações, e a Nova Zelândia assumiu oficialmente o controle de Samoa em 17 de dezembro de 1920, embora já nos governasse desde 1914. Ao mesmo tempo, foi introduzida a bandeira azul oficial com a imagem de três palmeiras na areia.

Os três coqueiros (1) podem indicar a presença da Força Expedicionária da Nova Zelândia (NZEF) em Samoa durante a Primeira Guerra Mundial (1914-1918). A cocar (2) do chapéu da NZEF apresentava três palmeiras, uma coroa e um ramo de samambaia. As palmeiras foram emprestadas de uma bandeira da Samoa Alemã proposta anteriormente (3), que não foi adotada.

Após a Segunda Guerra Mundial, Samoa Ocidental tornou-se um território de confiança das Nações Unidas e, posteriormente, ficou sob a jurisdição da Nova Zelândia. Em 1948, Samoa adotou sua própria bandeira vermelha com quatro estrelas brancas da constelação do Cruzeiro do Sul em um cantão sobre um fundo azul e, posteriormente, uma quinta estrela foi adicionada à constelação. A Samoa Ocidental tornou-se independente em 1º de janeiro de 1962, sendo posteriormente renomeada como Estado Independente de Samoa.