Na Idade Média, a bandeira original da Eslováquia consistia em listras vermelhas e brancas (a vermelha geralmente ficava no topo). O registro mais antigo da bandeira eslovaca está no selo da cidade de Nitra, da época de Bela IV (1235-1270), que mostra uma cruz branca sobre um fundo vermelho. A forma moderna da bandeira foi criada durante a revolução de 1848-1849, quando os eslovacos lutaram contra os húngaros. Inicialmente, foi usada uma bandeira vermelha e branca sem brasão, mas, em setembro de 1848, foi acrescentada uma faixa azul e a bandeira passou a ser vermelha, azul e branca. Algumas bandeiras também traziam o brasão nacional húngaro, mas a cor das coroas era frequentemente alterada para azul, que corresponde às cores modernas do brasão eslovaco. O uso do brasão húngaro mostrava o desejo dos eslovacos de ter sua nação reconhecida na Hungria. A ordem das listras permaneceu a mesma até 1868, e essa bandeira foi usada ativamente por associações eslovacas nos Estados Unidos.

Após a criação da Tchecoslováquia em 1920, uma nova bandeira foi criada, consistindo na bandeira tcheca padrão branca e vermelha com um triângulo azul. Por lei, a República Tcheca moderna usa essa bandeira, embora isso viole a Lei de Partição da Tchecoslováquia de 1992, que proíbe o uso de símbolos da Tchecoslováquia pelos estados sucessores.
No entanto, os eslovacos também usaram sua bandeira de três listras depois de 1918 e, em 1919, o uso dessa bandeira foi oficialmente autorizado na Tchecoslováquia. Depois que a Eslováquia declarou sua autonomia em 1938, essa bandeira de três listras tornou-se oficial. Ao mesmo tempo, os eslovacos usaram temporariamente uma bandeira com uma cruz dupla vermelha em um círculo branco sobre um fundo azul como símbolo da luta pela autonomia e soberania.

A Primeira República Eslovaca usou a bandeira nacional moderna sem o brasão de armas eslovaco entre 1939 e 1945. O brasão foi adicionado à bandeira pela primeira vez em 1991 para evitar confusão com as bandeiras da Rússia e da Eslovênia. Entretanto, devido a problemas políticos existentes, a nova bandeira com o brasão foi introduzida somente em 1992. Alguns detalhes da forma da bandeira nacional eslovaca foram determinados apenas pela Lei da Assembleia Nacional da República Eslovaca de 18 de fevereiro de 1993. De acordo com ela, a altura do escudo com o brasão é igual à metade da largura da bandeira, e o escudo é cercado por uma faixa branca cuja largura é igual a um centésimo do comprimento da bandeira.