A primeira aparição da bandeira não foi do estado, mas como uma bandeira pessoal do conde Josip Jelacic-Bujemski (um comandante austríaco de origem croata). Ela continha uma bandeira vermelha e branca da Croácia e uma bandeira branca e azul da Eslavônia, e no centro havia um escudo com uma coroa real dividida em três partes contendo
- O brasão de armas croata - um campo quadriculado branco e vermelho;
- o brasão de armas da Eslavônia - a parte superior azul com a imagem de uma estrela e, entre duas linhas brancas que simbolizam rios, há a imagem de uma marta em um fundo vermelho;
- o brasão de armas da Dalmácia é um escudo azul com três cabeças de leão.
Essa bandeira foi hasteada pela primeira vez em 5 de junho de 1848, durante a entronização de Josip Jelacic como Ban. Desde então, os croatas têm usado o tricolor vermelho, branco e azul como símbolo nacional. Por algum tempo, até a década de 1860, o uso do tricolor foi proibido, mas depois foi oficialmente adotado pelo acordo de paz entre a Croácia e a Hungria em 1868.
Em 1918, a Croácia perdeu sua condição de Estado e, consequentemente, sua bandeira oficial. Naquela época, havia apenas uma bandeira tricolor, sem um brasão de armas no meio. Em 1939, o brasão com um tabuleiro de xadrez tornou-se o brasão do Dia Nacional da Croácia e um símbolo exclusivo de identidade política e nacional. Embora a maioria das bandeiras durante a Guerra da Independência da Croácia tivesse um brasão, também foi usada uma bandeira tricolor simples sem brasão.

No período de 1943 a 1945, foi usada a bandeira do Estado Federal da Croácia. Depois, até 1947, foi usada uma bandeira absolutamente idêntica, mas com um nome diferente: a bandeira da República Popular da Croácia e, no terceiro período, de 1947 a 1990, a bandeira da República Socialista da Croácia. Em geral, esse período, de 43 a 90, pode ser unido por uma bandeira comum, pois ela era quase idêntica e parecia uma tricolor vermelha, branca e azul com uma estrela vermelha no meio. Somente na última iteração dessa bandeira a estrela foi ampliada e um contorno dourado foi adicionado.
Em 1990, a Croácia voltou a usar o antigo tricolor com um tabuleiro de xadrez de 25 quadrados vermelhos e brancos. Uma versão da nova bandeira da República da Croácia foi exibida oficialmente pela primeira vez em 30 de maio de 1990, na Praça Ban Jelacic, e, em 21 de dezembro, adquiriu sua aparência atual com um brasão e uma coroa no formato dos cinco brasões históricos dos países croatas.