Em 7 de abril de 1848, um grupo de estudantes liderado pelo ativista nacionalista liberal e poeta Lovro Toman hasteou a primeira bandeira eslovena em Ljubljana. As autoridades austríacas a adotaram como a bandeira oficial de Carniola, apesar da forte oposição da Alemanha. O governo austríaco geralmente suprimia os emblemas não alemães em todo o império, mas esse reconhecimento regional foi uma exceção.
Temendo que as bandeiras com mais de três cores pudessem provocar uma revolta, o governo central austríaco ordenou que as bandeiras regionais e a bandeira do império fossem limitadas a duas cores cada. Portanto, o povo esloveno ficou muito feliz quando a tricolor da Carniolan - branca, azul e vermelha - foi oficialmente adotada como símbolo da Eslovênia Unida. Em algum momento da segunda metade do século XIX, o tricolor esloveno suplantou todos os outros símbolos nacionais em importância.

Mesmo depois que a Eslovênia passou a fazer parte da Iugoslávia com uma bandeira com azul no topo, a bandeira com suas cores brilhantes ainda era facilmente reconhecível. Embora tenha sido banida e seus usuários tenham sido punidos pelo governo fascista, ela foi usada pelos eslovenos da Marcha Juliana, que foram conquistados pela Itália no período entre guerras. O brasão de armas da Eslovênia, desenhado por Marko Poganik, foi adotado oficialmente depois que o país declarou sua liberdade da Iugoslávia. Em 27 de junho de 1991, após muitos meses de discussões sobre o brasão da nova república, a bandeira foi escolhida.