Até a década de 1820, quando começou a colonização otomano-egípcia, o território do Sudão moderno consistia em vários reinos, sultanatos e tribos, como Kush, Meroe, Nobatia, Makuria, Alodia, o Sultanato de Fuj e o Sultanato de Darfur. As bandeiras no sentido moderno (símbolos padronizados do estado) não existiam devido à ausência de um único estado. Em vez disso, faixas, emblemas religiosos e panos coloridos eram usados para denotar autoridade, religião ou afiliação militar. As informações oficiais são limitadas devido à falta de fontes arqueológicas e escritas.
No início da década de 1820, Muhammad Ali, o governador otomano do Egito, enviou tropas ao sul para conquistar as tribos dispersas do Sudão. Em 1824, eles haviam capturado Kordofan, Sennar e o Vale do Nilo, criando o Sudão turco-egípcio. A bandeira vermelha do Império Otomano sobrevoava essas terras: um tecido todo vermelho com uma lua crescente branca e uma estrela de cinco pontas no centro. Essa bandeira, conhecida como bandeira militar otomana, simbolizava o poder do sultão em Istambul, mas, para os sudaneses, era um sinal de estrangeiros que traziam impostos e trabalho forçado. Em 1867, foi concedida autonomia parcial ao Egito, e Muhammad Ali apresentou sua própria bandeira, também vermelha, mas com três crescentes brancos, cada um com uma estrela de cinco pontas, representando o Egito, a Núbia e o Sudão. Essa bandeira foi hasteada em Cartum e Dongola, mas seu significado permaneceu distante das tradições locais, refletindo apenas as ambições do Cairo.
Porém, em 1881, surgiu uma faísca de resistência. Muhammad Ahmad, proclamando-se um Mahdi, liderou uma revolução contra a opressão turco-egípcia. Seus seguidores, os mahdistas, expulsaram as guarnições egípcias, criando um estado teocrático. As bandeiras mahdistas não tinham um único desenho, mas a mais famosa era a bandeira negra apresentada ao califa Abdullah ibn Muhammad para recrutar soldados das tribos de Bagdara. Essa bandeira, toda preta, representava a pureza religiosa e a luta pela fé, lembrando os sudaneses de sua força. Outras bandeiras eram brancas com inscrições em árabe, geralmente os nomes de Deus ou do Mahdi, emolduradas por listras vermelhas ou azuis. Esses estandartes, balançando sobre os campos de batalha de Cordofão ou Omdurman, foram os primeiros símbolos locais a desafiar os estrangeiros. Em 1885, quando os mahdistas conquistaram Cartum, as bandeiras pretas e brancas substituíram as bandeiras vermelhas otomanas, mas essa liberdade durou pouco.

Em 1898, as tropas britânico-egípcias sob o comando de Horace Kitchener derrotaram os mahdistas na Batalha de Omdurman. Em 19 de janeiro de 1899, o Condomínio Anglo-Egípcio, um governo conjunto da Grã-Bretanha e do Egito, foi oficialmente proclamado. O Sudão perdeu sua própria bandeira, e duas bandeiras estrangeiras passaram a hasteá-la. A Union Jack britânica, um tecido azul com as cruzes vermelhas e brancas da Inglaterra, Escócia e Irlanda, simbolizava o poder imperial de Londres. A bandeira egípcia mudou: até 1914, era um tecido vermelho com um crescente branco e uma estrela; de 1914 a 1923, era vermelha com três crescentes e estrelas; e depois de 1923, era verde com um crescente branco e três estrelas, representando o Egito, a Núbia e o Sudão. Em 1900, o governador do Sudão recebeu sua própria bandeira, a Union Jack, no centro da qual havia um disco branco com a inscrição dourada “GOVERNADOR GERAL DO SUDÃO”, emoldurada por uma coroa de louros verde.

Em 1924, a White Flag League (Liga da Bandeira Branca), um movimento liderado por Ali Abdel Latif, desafiou os colonizadores. Uma bandeira branca com as letras vermelhas “SUDÃO” foi hasteada nas ruas de Cartum e Omdurman. Simples, mas forte, ela se tornou o primeiro símbolo verdadeiro da unidade sudanesa. Os britânicos reprimiram duramente os protestos, mas essa bandeira ficou gravada para sempre na memória das pessoas, inspirando-as a lutar. Em 1953, quando o Sudão já estava prestes a se tornar independente, a mesma bandeira branca com “SUDÃO” representou orgulhosamente o país na Conferência Afro-Asiática de Bandung, realizada de 18 a 24 de abril de 1955.

Em 1º de janeiro de 1956, o Sudão finalmente se tornou livre. Cartum substituiu a Union Jack britânica e a bandeira verde egípcia pela primeira bandeira nacional. Três listras largas - azul, amarela e verde - se estendiam pela tela em uma proporção de 1:2. Essa bandeira, desenhada pelo poeta Maki Sufi, foi pensada nos mínimos detalhes para unir o colorido povo do Sudão. A cor azul lembrava o Nilo, um rio que conecta o norte e o sul como uma artéria viva. O amarelo refletia o deserto do Saara, no norte, e a resiliência das pessoas que vivem em seu ambiente hostil. A cor verde representava as terras férteis onde crescem o algodão e o sorgo, e trazia consigo a esperança de prosperidade. A bandeira foi deliberadamente neutra, sem símbolos religiosos ou tribais, para que ninguém - nem o norte muçulmano, nem o sul cristão, nem as muitas tribos - se sentisse um estranho. Ela foi hasteada pela primeira vez sobre o parlamento em Cartum em 31 de dezembro de 1955 por uma decisão da Câmara dos Deputados, que era presidida por Mubarak Zarroug. Essa bandeira foi hasteada como um sinal de unidade até 1970. Mas a paz era frágil: a guerra civil entre o norte e o sul que eclodiu em 1955 lançou uma sombra sobre a bandeira. Para muitos no sul, ela ainda era associada à influência árabe.
Em 25 de maio de 1969, um golpe militar liderado por Haafar Nimeir mudou o destino do Sudão. O país se tornou a República Democrática do Sudão, e o novo governo procurou refletir sua ideologia - nacionalismo árabe e socialismo - nos símbolos do Estado. Foi anunciado um concurso para a escolha de uma nova bandeira e, em 20 de maio de 1970, o país recebeu a bandeira que é usada até hoje. A bandeira, desenhada pelo artista Abdel Rahman Ahmed al-Jali, consistia em três listras horizontais - vermelha, branca e preta - com um triângulo verde que se estendia da borda esquerda perto do mastro. A proporção entre a largura e o comprimento permaneceu 1:2, mas o design foi inspirado na Bandeira de Libertação Árabe Egípcia de 1952. Suas cores pan-africanas enfatizavam a identidade árabe, o que nem sempre repercutia entre os grupos não árabes, especialmente no sul. Durante a Segunda Guerra Civil (1983-2005), os rebeldes do sul, incluindo o Movimento de Libertação do Povo do Sudão, usaram suas próprias bandeiras, rejeitando a bandeira nacional como um símbolo da dominação do norte. Após a assinatura do Acordo de Paz Abrangente em 2005, o Sudão do Sul ganhou autonomia e independência em 2011, escolhendo sua própria bandeira com listras pretas, vermelhas e verdes, inserções brancas, um triângulo azul e uma estrela dourada. Enquanto isso, a bandeira sudanesa permaneceu inalterada, hasteada sobre Cartum mesmo em épocas de agitação - os protestos de 2018-2019 que derrubaram Omar al-Bashir e a guerra civil que começou em 2023. Curiosamente, durante os protestos de 2018-2019, alguns manifestantes hastearam a antiga bandeira azul, amarela e verde de 1956, vendo-a como um símbolo de neutralidade e unidade perdido no design moderno.