No século XIII, o Egito era governado pelo Sultanato Mameluco, um estado criado por guerreiros escravos que se tornaram a elite. Os mamelucos não tinham uma única bandeira oficial no sentido moderno, mas usavam bandeiras que refletiam seu poder e sua conexão com o Islã. A mais comum era uma bandeira amarela com um crescente branco, às vezes com inscrições em árabe ou padrões geométricos. A cor amarela simbolizava poder e riqueza, e o crescente simbolizava o Islã e a fé. Essas bandeiras sobrevoavam o Cairo e os campos de batalha onde os mamelucos lutavam contra os cruzados e os mongóis.

Em 1517, o Império Otomano derrotou o Sultanato Mameluco, e o Egito tornou-se sua província. As bandeiras do Império Otomano no Egito eram predominantemente vermelhas com uma lua crescente branca e uma estrela (semelhante à bandeira moderna da Turquia). Esse desenho refletia a tradição otomana: a cor vermelha representava o poder do sultão, e a lua crescente e a estrela representavam o Islã e a unidade do império. Para os egípcios, essa bandeira era um sinal do poder de outra pessoa, mas também de proteção. Os sultões otomanos controlavam Meca e Medina, o que acrescentava significado religioso à bandeira. No entanto, a população local sonhava com sua própria bandeira, que falaria do Egito e não da distante Istambul.
Em 1805, Muhammad Ali, um oficial albanês do exército otomano, tomou o poder no Egito, derrotando os mamelucos e os rivais otomanos. Ele fundou uma dinastia que governou o país até 1953 e introduziu uma nova bandeira, que foi o primeiro passo em direção à identidade egípcia. A bandeira era vermelha com um crescente branco e uma estrela branca no centro. Esse desenho era muito semelhante à bandeira do Império Otomano, pois o Egito continuava sendo uma província do Império Otomano. A cor vermelha simbolizava força e luta, o crescente simbolizava o Islã e o poder, e a estrela simbolizava a esperança de um grande futuro.
Em 1867, o sultão otomano reconheceu oficialmente o título de khedive para Ismail Pasha, neto de Muhammad Ali, o que marcou o início do khedive egípcio, um período de autonomia florescente dentro do império. A nova bandeira mantém o fundo vermelho e um crescente branco, mas, em vez de uma estrela, tem três estrelas brancas de cinco pontas dispostas em um triângulo. Ismail Pasha, que era chamado de “Ismail, o Magnífico”, transformou o Cairo na “Paris do Nilo”, construiu o Canal de Suez (1869) e expandiu sua influência para a África Oriental. A bandeira hasteou essas conquistas, mas após a ocupação britânica de 1882, causada pela revolta de Urabi Pasha, a Union Jack apareceu com frequência ao lado dela.

Em 1914, quando o Império Otomano entrou na Primeira Guerra Mundial, a Grã-Bretanha declarou o Egito seu protetorado, abolindo a suserania otomana. O quediva foi transformado em sultanato egípcio, e o quediva Abbas II foi substituído pelo sultão Hussein Kamel. A nova bandeira manteve o fundo vermelho, mas recebeu três crescentes brancos e três estrelas brancas de cinco pontas. Os três crescentes simbolizavam o Egito, o Sudão e a Núbia, os territórios sob o controle do sultão. As estrelas representavam a esperança de independência e unidade das três religiões: muçulmanos, cristãos e judeus. Essa bandeira foi um compromisso: os britânicos permitiram que a cor local fosse preservada, mas mantiveram o Egito sob controle.
Em 1922, o Reino Unido reconheceu a independência do Egito, e o rei Fuad I aprovou uma nova bandeira: verde com um crescente branco e três estrelas brancas. A cor verde, como as margens do Nilo, simbolizava a fertilidade e o Islã, enquanto as três estrelas representavam o Egito, a Núbia e o Sudão, ou três comunidades religiosas: muçulmanos, cristãos e judeus. O crescente continuou sendo um sinal de fé e herança. Essa bandeira foi hasteada sobre um país que estava tentando se tornar verdadeiramente livre, embora as tropas britânicas permanecessem no Canal de Suez. Ela era um símbolo de esperança, mas também um lembrete de que o caminho para a independência total ainda estava por vir.

Em 23 de julho de 1952, o movimento dos Oficiais Livres, liderado por Gamal Abdel Nasser, deu um golpe de Estado, derrubando o rei Farouk I. A revolução pôs fim à monarquia, e o Egito tornou-se uma república em 18 de junho de 1953. O período foi marcado pela luta contra a influência britânica, a nacionalização do Canal de Suez em 1956 e o início do nacionalismo árabe. A nova bandeira, conhecida como a Bandeira da Libertação Árabe, consistia em três faixas horizontais - vermelha, branca e preta - com a águia dourada de Saladino no centro da faixa branca. A cor vermelha representava o sangue derramado na luta contra os britânicos, a cor branca representava a pureza dos corações e a natureza pacífica da revolução, e a cor preta representava os tempos sombrios da opressão colonial. A águia de Saladino, segurando um escudo com o nome do país, simbolizava a força, o orgulho e a herança de Saladino, que resistiu aos invasores estrangeiros.
Em 1º de fevereiro de 1958, o Egito e a Síria se uniram para formar a República Árabe Unida (RUA), proclamando uma união política que seria o primeiro passo para uma unidade árabe mais ampla. Esse período, liderado pelo presidente Gamal Abdel Nasser, foi marcado por ideias pan-árabes, pela nacionalização do Canal de Suez e por tentativas de resistir à influência ocidental. A união entrou em colapso em 28 de setembro de 1961, após um golpe militar na Síria, mas o Egito manteve o nome da UAR e seus símbolos até 1º de janeiro de 1972. Em 1963, também foram realizadas negociações sobre a possível adesão do Iraque, mas elas não tiveram êxito. A bandeira da KSA, aprovada oficialmente em 8 de abril de 1958 pela Lei nº 12, consistia em três listras horizontais: vermelha na parte superior, branca no meio e preta na parte inferior. No centro da faixa branca, havia duas estrelas verdes de cinco pontas. A propósito, a bandeira da UAR é idêntica à bandeira moderna da Síria. Essas cores foram derivadas da Bandeira da Libertação Árabe, introduzida após a revolução de 1952. As duas estrelas verdes representavam o Egito e a Síria, enfatizando sua unidade na luta por um objetivo comum.

Em 1º de janeiro de 1972, o Egito, a Síria e a Líbia criaram a Federação das Repúblicas Árabes (FAR) em um esforço para aprofundar a cooperação árabe após o fracasso da OUA. Essa federação, iniciada pelo líder líbio Muammar Gaddafi e apoiada pelo Egito e pela Síria, foi uma tentativa de unir os esforços dos três países, mas permaneceu mais simbólica do que prática. Em 1973, o Egito e a Líbia tentaram criar uma aliança mais próxima dentro de uma federação, mas os planos fracassaram. Em 1976, o Egito e a Síria também planejaram aprofundar a cooperação e, em 1977, o Sudão manifestou interesse em participar, mas essas iniciativas não se concretizaram. A federação foi oficialmente dissolvida em 19 de novembro de 1977, quando a Líbia se retirou após conflitos com o Egito, mas o Egito continuou a usar a bandeira até 1984. A bandeira da FJP manteve o tricolor vermelho, branco e preto, mas, em vez de estrelas, um falcão dourado de Quraysh, também conhecido como águia de Saladino, apareceu no centro da faixa branca. O Egito acrescentou a inscrição “República Árabe do Egito” em árabe abaixo do falcão, o que diferenciava sua versão das versões síria e líbia. A bandeira foi usada até 4 de outubro de 1984, quando o Egito adotou a versão moderna.