A atual bandeira de El Salvador foi adotada pela Assembleia Nacional em 21 de agosto de 1823. As cores foram escolhidas por Manuel José Arce quando ele era o líder da milícia salvadorenha que lutou contra a anexação da América Central ao México em 1822. Arce criou a bandeira da província de El Salvador com seda branca e azul, inspirada nas cores dos heróis argentinos San Martin e Belgrano. A bandeira foi consagrada em 20 de fevereiro de 1822 e tornou-se o símbolo nacional de El Salvador. Entretanto, a legislatura não a adotou como símbolo nacional até 17 de maio de 1912. O Presidente da República, Manuel Enrique Araujo, hasteou a bandeira pela primeira vez em uma cerimônia cerimonial na tribuna presidencial em 15 de setembro daquele ano, tornando-a oficialmente o novo símbolo nacional.

A bandeira nacional de El Salvador em 1877 consistia em 5 listras azuis e 4 brancas. No canto superior esquerdo havia um quadrado vermelho com 14 estrelas brancas que simbolizavam os departamentos do país. A bandeira anterior tinha apenas 9 estrelas (1865) porque havia apenas 9 departamentos naquela época, mas com o passar do tempo o número de estrelas aumentou - em 1865 para 11, em 69 para 12, em 73 para 13 e, finalmente, de 1877 a 1912, o número de estrelas aumentou para 14.

Em 17 de maio de 1912, a bandeira adquiriu uma aparência moderna, mas por um curto período de tempo, de 1921 a 1922, o desenho da bandeira foi ligeiramente alterado - a cor azul foi substituída por azul, e a inscrição “REPÚBLICA FEDERAL DE CENTRO AMÉRICA ‘ (’REPÚBLICA FEDERAL DA AMÉRICA CENTRAL”) apareceu no brasão central. Em 1922, eles voltaram ao desenho anterior e, desde então, a bandeira tem sido usada nessa forma.