Ao longo de sua história, a bandeira de Honduras mudou várias vezes, embora seu desenho tenha permanecido conceitualmente inalterado: três listras azuis, brancas e azuis. Em 1823, Honduras usava a bandeira das Províncias Unidas da América Central. A bandeira de Honduras em 1839 consistia em um tricolor sem sinais e símbolos adicionais. A cor azul escura daquela época era diferente do azul moderno.

Em 1866, o desenho foi alterado. Essa bandeira era muito semelhante à moderna, exceto pela disposição das estrelas - em 66, elas estavam mais próximas umas das outras. Havia também uma versão alternativa da bandeira em que as cinco estrelas estavam dispostas em um semicírculo. Essas duas versões existiram até 1898, quando foi introduzida uma nova bandeira, com estrelas amarelas em vez de azuis.

Essa bandeira foi usada até 1949, quando o design atual foi adotado. O primeiro uso da bandeira moderna data de 1866, mas a disposição das estrelas era diferente naquela época, portanto, seria mais lógico dar a primazia à bandeira de 1949, pois ela difere da bandeira moderna apenas no tom de azul, que foi alterado em 2022, e essa bandeira foi usada por mais tempo que as outras - 74 anos.