Depois de conquistar a independência da Espanha em 1821, a Nicarágua passou a fazer parte do Império Mexicano e, mais tarde, juntou-se às Províncias Unidas da América Central. Entretanto, a independência formal da Nicarágua ocorreu somente em 1838. Em 1852, o país adotou sua primeira bandeira oficial, que consistia em três listras horizontais: branca, amarela e vermelha.

Ao longo dos anos, a Nicarágua passou por mudanças no desenho de sua bandeira. Houve diversas variações diferentes, incluindo uma faixa tricolor de amarelo, branco e bege e um desenho semelhante com o brasão de armas no centro. Entretanto, em 1908, a bandeira federal foi adotada como a bandeira nacional. A bandeira daquela época era semelhante à bandeira da República Federal da América Central e um sinal comum para os países membros.
O primeiro uso do design moderno da bandeira da Nicarágua data de 1908, mas ela foi oficialmente reconhecida como bandeira nacional somente em 1971. A bandeira consiste em faixas horizontais azuis na parte superior e inferior, simbolizando o Mar do Caribe e o Oceano Pacífico. A faixa branca no meio representa a paz. Na faixa branca está o brasão de armas, que contém um triângulo com as palavras “República da Nicarágua” e “América Central”, além de imagens de cinco vulcões que simbolizam as cinco nações que se uniram no passado.