A necessidade de uma bandeira como símbolo da identidade nacional surgiu em uma reunião chamada “Reunião de Natal”. Ela foi realizada em 1888 para discutir a proteção da cultura e do idioma faroenses. Por muitos anos, as bandeiras usaram a pega da costa (“Tjaldursmerkið”) e o carneiro (“Veðramerkið”) como símbolo nacional, mas isso estava prestes a mudar.
Em 1919, três estudantes faroenses em Copenhague, Jens Oliver Lisberg, Janus Ossursson e Thomas Pauli Dahl, criaram a bandeira das Ilhas Faroe. Eles decidiram desenhar uma bandeira no estilo de outras bandeiras escandinavas em forma de cruz, tomando como base as bandeiras da Noruega e da Islândia, que consideravam seus vizinhos mais próximos. Eles também escolheram o branco como cor de base para se destacar das demais, já que a bandeira norueguesa tem um tecido vermelho e a bandeira islandesa tem um tecido azul. Quanto ao desenho da cruz, Jens Oliver Lisberg argumentou que ela deveria ser vermelha com um contorno azul. A bandeira das Ilhas Faroe, também conhecida como Merkir, foi hasteada pela primeira vez no vilarejo de Famjón em 22 de junho de 1919, e a original está na igreja de Famjón. Mais tarde, Jens Oliver morreu de pneumonia e as autoridades dinamarquesas rejeitaram esse símbolo de independência, mas os faroenses continuaram a usar a bandeira estudantil “Merkið”. Ela se tornou popular para uso em navios no mar. No entanto, as autoridades dinamarquesas não a reconheceram como uma bandeira nacional. Isso levou a conflitos entre os faroenses e os dinamarqueses, pois os primeiros queriam que a bandeira fosse oficialmente reconhecida.
Em 1930, a bandeira começou a ser usada em cerimônias oficiais e, em 1931, passou a ser usada com frequência, embora não oficialmente. Isso aumentou as tensões entre as autoridades dinamarquesas e o povo das Ilhas Faroé. Em 1931, finalmente foi feita uma proposta para aprovar a Merkir como a bandeira das Ilhas Faroe, mas sem uma votação majoritária. O reconhecimento final do Merkir como bandeira das Ilhas Faroe não ocorreu até abril de 1940, quando as Ilhas Faroe ficaram sob o controle das tropas britânicas devido ao rompimento dos laços com a Dinamarca e à ocupação da Dinamarca pela Alemanha. Em 25 de abril de 1940, a Grã-Bretanha declarou a Merkir a bandeira oficial das Ilhas Faroe.
A Lei de Autonomia de 23 de março de 1948 reconheceu a bandeira Merkið como a bandeira oficial das Ilhas Faroe.
Entretanto, em 1959, as Ilhas Faroe se afastaram de seus vizinhos do norte, mudando a cor azul escura “norueguesa” para um azul independente.