Vamos destacar os principais estágios da formação da bandeira:

Bandeira de 1831 a 1832. Durante a luta pela autonomia da Bósnia, de setembro de 1831 a junho de 1832, foi adotada uma nova bandeira da Bósnia. No início de 1832, a Bósnia e Herzegovina foi brevemente liberada do domínio otomano e declarada independente. A bandeira usada durante esse período era verde com uma lua amarela e uma estrela amarela de cinco pontas no meio da lua, no lado direito.
Bandeira de 1878 a 1908. Após a conquista austro-húngara da Bósnia e Herzegovina em 1878, uma nova bandeira foi criada para a Bósnia e Herzegovina. Todas as bandeiras da monarquia austro-húngara tinham uma aparência padronizada e eram divididas horizontalmente em duas partes iguais com cores diferentes. Para a Bósnia e Herzegovina, a cor vermelha foi escolhida para a parte superior e a amarela para a parte inferior. No centro da bandeira está o então brasão da Bósnia e Herzegovina. A bandeira foi adotada no final de 1878.
Bandeira de 1908 a 1918. Após a anexação da Bósnia e Herzegovina pela Áustria-Hungria em 1908, uma nova bandeira foi usada. Ela era quase igual à bandeira anterior, exceto pelo brasão de armas da Bósnia e Herzegovina, que foi removido da bandeira. Assim, restaram duas cores: vermelho na parte superior e amarelo na parte inferior.
Bandeira de 1946 a 1992. A bandeira da República Socialista Popular da Bósnia e Herzegovina era vermelha sólida com a bandeira da Iugoslávia, contornada em amarelo, no canto superior esquerdo. Antes da adoção dessa bandeira, a bandeira da Bósnia e Herzegovina era uma bandeira vermelha com uma estrela no meio decorada com ouro. A bandeira foi adotada em 31 de dezembro de 1946.
Bandeira de 1992 a 1998. Em 4 de maio de 1992, a bandeira da República da Bósnia e Herzegovina foi adotada. A bandeira do Reino da Bósnia foi baseada no brasão de armas da dinastia Kotromanic da Bósnia, do rei Tvrtko I e de seus sucessores. A bandeira da Bósnia medieval era branca com o brasão da dinastia Kotromanic no centro, que consistia em um escudo azul com seis lírios dourados (flor de lis francesa - um sinal dos santos ou abençoados na heráldica) colocados em torno de uma curva branca (curva inglesa, bande francesa - na heráldica, uma faixa diagonal que cruza o escudo). A proporção entre a largura e o comprimento da bandeira era de um para dois. Ela foi apresentada oficialmente pela primeira vez em 22 de maio de 1992, em frente ao prédio da ONU em Nova York.
Bandeira moderna. A bandeira foi oficialmente aprovada em 4 de fevereiro de 1998. Ela foi escolhida entre três opções apresentadas ao parlamento. Todas elas continham a cor azul, que simboliza as Nações Unidas. As estrelas brancas representam a Europa. O triângulo amarelo representa os três principais grupos étnicos que vivem no país: muçulmanos, croatas e sérvios.