Até a transferência de Macau para a República Popular da China em 1999, Macau usava oficialmente apenas a bandeira portuguesa, ao contrário de Hong Kong, que usava uma bandeira azul junto com a Union Jack e seu brasão durante o domínio britânico. Em 1967, houve propostas para dar a cada província ultramarina sua própria bandeira, consistindo na bandeira portuguesa com um brasão local, mas nenhuma delas foi adotada.

Após o período de 1911 a 1999, quando a atual bandeira portuguesa foi usada, foi usada uma bandeira azul clara com o brasão oficial da colônia portuguesa de Macau. Durante a administração portuguesa, essa bandeira também representava o território de Macau em fóruns internacionais, embora não fosse a bandeira oficial da colônia portuguesa.
A moderna bandeira verde com uma flor de lótus branca sobre cinco estrelas tem sido usada oficialmente desde 20 de dezembro de 1999.