Em 1888, a British Imperial East Africa Company (IBEAC) recebeu uma carta régia para administrar e proteger os interesses comerciais britânicos na África Oriental, incluindo a futura Uganda. A empresa consolidou seu controle em 1891 ao assinar um tratado com o poderoso Reino de Buganda. Entretanto, devido a guerras religiosas e dificuldades financeiras, o IBEAC perdeu sua posição, cedendo seus direitos administrativos ao governo britânico em 1893.
Embora o IBEAC tenha desempenhado um papel crucial no estabelecimento da presença britânica, os materiais de pesquisa não fornecem uma descrição detalhada da bandeira específica da empresa ou de seu simbolismo, além de mencionar que “as bandeiras coloniais e as bandeiras que exibiam o emblema do IBEAC foram alteradas para refletir o novo emblema do Quênia”.
Em 1894, o Reino de Buganda foi oficialmente declarado um Protetorado Britânico, abrangendo as terras que formam a atual Uganda. Isso marcou a transição da administração comercial para o controle direto do governo britânico. O Acordo de Buganda de 1900 foi fundamental, reconhecendo o Kabaka (Rei) de Buganda como o governante do reino, sujeito à sua lealdade ao monarca britânico, e concedendo reconhecimento estatutário ao Lukiko (Conselho de Chefes), ao mesmo tempo em que integrava Buganda como uma província ao sistema administrativo e fiscal mais amplo do protetorado. A administração britânica estendeu gradualmente seu controle a outros reinos, como Bunyoro, Toro e Ankole, em 1896, por meio da assinatura de tratados, embora as áreas do norte e do leste sem uma autoridade centralizada fossem administradas diretamente. Até 1914, a Union Jack, a bandeira nacional do Reino Unido, era a única bandeira oficial usada para representar a autoridade britânica no Protetorado de Uganda.

Em 1914, uma bandeira distinta foi oficialmente adotada para o Protetorado de Uganda, substituindo o uso exclusivo da Union Jack. Essa bandeira era a British Blue Ensign, um desenho comum para colônias e territórios britânicos. Ela tinha uma Union Jack no cantão (parte superior esquerda perto do mastro) e um emblema no pano (a parte externa da bandeira). O emblema na bandeira era um guindaste coroado cinza. Essa bandeira foi usada até março de 1962, pouco antes da independência de Uganda.
O grou coroado cinza, um grande pássaro nativo de Uganda e arredores, foi escolhido como o símbolo oficial do território. Sua escolha foi deliberada: O Império Britânico escolheu esse novo símbolo neutro para evitar qualquer indício de favoritismo em relação a um dos muitos reinos tradicionais poderosos (como Buganda, que tinha sua própria bandeira) que compunham a nova colônia. Essa escolha pragmática tinha o objetivo de manter a estabilidade e evitar rivalidades étnicas que complicariam a administração colonial.
O grou era famoso por sua natureza gentil, e sua graciosidade era de especial interesse para as autoridades britânicas. Sir Frederick Jackson, ornitólogo e governador do Protetorado de Uganda, conseguiu pressionar o Rei George V para que o grou coroado se tornasse o símbolo oficial do território. Além disso, o grou coroado cinza tinha uma conexão histórica, servindo como distintivo militar para os soldados de Uganda durante o domínio britânico. Até hoje, o grou coroado continua sendo o símbolo oficial de Uganda e é reverenciado por seu povo.
À medida que Uganda se aproximava da independência, havia uma necessidade urgente de uma bandeira nacional que representasse os diversos povos e culturas do país. Após as eleições de 1º de março de 1961, o Partido Democrático (DP), liderado por Benedict Kiwanuka, formou o governo e tornou-se o primeiro partido político a governar o país internamente. Esse governo iniciou o processo de criação da insígnia nacional, incluindo a bandeira.
O Comitê da Bandeira Nacional, presidido por Sentiza Kajubi, propôs inicialmente uma bandeira com as cores verde, azul e dourada, unanimemente aceita para refletir aspectos do país e não dos partidos políticos. Por exemplo, o Comitê de Propósito Geral do Conselho Distrital de Teso propôs o azul para representar a abundância de água de Uganda e o verde para sua vegetação, com um guindaste coroado em uma montanha no centro como símbolo de continuidade.

O desenho específico proposto para a bandeira do Partido Democrático apresentava listras verticais de verde-azul-verde separadas por listras amarelas mais estreitas, com a silhueta de um guindaste amarelo no centro. Esse desenho foi usado de março de 1962 a outubro de 1962, embora seu status oficial seja debatido. No entanto, esse desenho acabou sendo considerado por alguns como “impopular” e “não muito ‘africano’”. Além disso, a cor verde foi associada ao Partido Democrata, o que deixou outras facções políticas desconfortáveis.
Isso mudou radicalmente após as eleições nacionais de 25 de abril de 1962, quando o Partido Democrático perdeu o poder para o Congresso do Povo de Uganda (UPC). Milton Obote, líder do UPC, tornou-se primeiro-ministro e levou Uganda à independência formal em 9 de outubro de 1962.
O governo recém-eleito da UPC rejeitou o desenho da bandeira proposto pelo DP. Em vez disso, propôs o desenho atual, que se baseava diretamente na bandeira do próprio partido da UPC, um tricolor com listras horizontais pretas, amarelas e vermelhas.

A bandeira foi desenhada por Grace Ibingira, que foi Ministra da Justiça de Uganda. Embora C. Todd, professor de belas artes da Makerere University, seja mencionado como o designer do brasão de armas de Uganda e de outros itens cerimoniais registrados no Board of Arms em Londres, o crédito principal pelo desenho da bandeira é consistentemente atribuído a Grace Ibingira.