Durante as primeiras dinastias, de 788 a 1549, o Marrocos foi moldado por tribos berberes e governantes muçulmanos. Os Idrisids, que governaram de 788 a 974, usavam bandeiras brancas simples para simbolizar a pureza da fé, a paz e a espiritualidade. Essas bandeiras provavelmente continham inscrições do Alcorão, como “Não há deus além de Alá”, o que enfatizava a legitimidade religiosa da dinastia, que era considerada descendente do Profeta Maomé por meio de Idris I. Os almorávidas, que chegaram ao poder em 1040, desenvolveram essa tradição usando bandeiras brancas com inscrições como “Não há deus além de Alá, e Maomé é seu profeta” para unidades militares de 100 soldados. A cor branca representava o rigor espiritual, enquanto as bandeiras pretas individuais podiam simbolizar a luta contra a “descrença”, refletindo a conexão com o califado abássida em Bagdá. Os almóadas, que governaram de 1121 a 1269, usavam bandeiras brancas com citações do Alcorão, como “Seu Deus é o único Deus” (Alcorão 2:163), enfatizando o monoteísmo e a reforma religiosa. Algumas fontes mencionam bandeiras xadrez vermelhas, pretas e brancas de tribos individuais ou unidades militares, mas o branco continuou sendo a cor dominante do estado. Os Marinidas (1244-1465) e os Vattasidas (1472-1549) mantiveram bandeiras brancas com inscrições que simbolizavam pureza e poder, que sobrevoavam Fez, a capital dos Marinidas, e eram usadas em batalhas contra as forças cristãs na Andaluzia.
A dinastia Saadin, que chegou ao poder em 1549, continuou a usar bandeiras brancas para enfatizar a devoção religiosa e a autoridade dinástica. Inscrições como “Alá deseja purificá-los, ó povo da casa” (Alcorão 33:33) refletiam a conexão com o Profeta Muhammad por meio dos Sharifs, os descendentes de sua família. A cor branca simbolizava a paz, a força espiritual e a pureza, o que foi importante na luta contra os postos avançados portugueses no litoral, especialmente na Batalha de Al-Qasr al-Kebir em 1578, na qual o Marrocos saiu vencedor. As bandeiras permaneceram simples, sem emblemas complicados, e foram usadas tanto em campanhas militares quanto para fins cerimoniais, confirmando a unidade do Marrocos sob o comando dos Saadis. Essas bandeiras foram hasteadas sobre a nova capital, Marrakech, e em missões diplomáticas ao Império Otomano.
Quando a dinastia alauíta chegou ao poder em 1666, a bandeira vermelha tornou-se o símbolo nacional. Essa cor representava coragem, sacrifício e uma conexão com o Profeta Maomé por meio dos descendentes de sua filha Fátima e do genro Ali, o quarto califa. A cor vermelha também era associada aos xarifes de Meca e aos imãs do Iêmen, o que dava legitimidade religiosa à dinastia aos olhos dos muçulmanos. A bandeira era um simples tecido vermelho sem símbolos, que era hasteado diariamente nas fortalezas de Rabat, Salé, Tânger e outras cidades, simbolizando o poder do sultão. Nos séculos XVIII e XIX, a cor vermelha refletia a unidade pan-árabe e a resistência à pressão europeia, principalmente de Portugal, Espanha e França. A bandeira foi usada nas relações diplomáticas, como durante as negociações com o Reino Unido, bem como nas operações navais em que os navios marroquinos enfrentaram a pirataria.

Em 1912, o Marrocos ficou sob os protetorados francês e espanhol, o que mudou o uso dos símbolos nacionais, embora a bandeira vermelha tenha permanecido como símbolo do sultanato em terra. Em 1915, o sultão Yusuf acrescentou uma estrela verde de cinco pontas, conhecida como o Selo de Salomão, ao tecido vermelho por decreto de 17 de novembro, simbolizando sabedoria e proteção. Durante o protetorado (1912-1956), havia restrições coloniais no mar, o que levou ao surgimento de bandeiras separadas. Na zona francesa, a bandeira vermelha do sultanato foi usada com a adição de um tricolor azul-branco-vermelho no cantão (canto superior esquerdo), simbolizando o poder e o controle francês sobre a política externa e a defesa. A zona espanhola usou uma bandeira vermelha com um campo verde no qual foi colocada uma estrela branca de cinco pontas, refletindo a influência espanhola, mas mantendo os símbolos islâmicos para a população local. De 1921 a 1926, a República do Recife, liderada por Abd al-Kerim, operou no norte do Marrocos, usando uma bandeira vermelha com um diamante branco no centro, um crescente verde e uma estrela de seis pontas. A cor vermelha representava a resistência à colonização, o diamante branco representava a pureza de intenções, e o crescente e a estrela representavam a identidade islâmica e a luta pela liberdade. Essa bandeira tornou-se um símbolo do movimento anticolonial. Após a conquista da independência em 2 de março de 1956, a bandeira vermelha com uma estrela verde de cinco pontas, com proporções de 2:3, tornou-se o símbolo nacional oficial. A estrela ocupa um terço da altura da bandeira e aponta para cima, simbolizando a elevação espiritual. Esse desenho representa a coragem, a fé, a unidade e o patrimônio natural do Marrocos, e permanece inalterado até hoje.