Período pré-colonial. Muito antes da chegada dos europeus, o território da atual Burquina Faso albergava poderosos reinos mossi — em particular Uagadugu, Yatenga, Tenkodogo e Fada N'Gourma —, surgidos por volta dos séculos XI–XV. Estas entidades não usavam bandeiras no sentido europeu: a autoridade real expressava-se através da instituição do Mogho Naaba (imperador dos Mossi), das insígnias da corte, dos tambores e das lanças cerimoniais. Ao lado dos Mossi viviam também os Gurunsi, Bobo, Lobi, Senufo, Fula e Tuaregues, cada um com os seus próprios símbolos políticos.
Colonização francesa (1896–1958). As forças francesas conquistaram a capital mossi, Uagadugu, em 1896, e o território foi sendo gradualmente integrado na África Ocidental Francesa. Em 1919 foi criada a colónia do Alto Volta (Haute-Volta), assim chamada em referência aos três rios — o Volta Negro, o Volta Branco e o Volta Vermelho — que atravessam o país. Em 1932, a colónia foi dissolvida e repartida entre a Costa do Marfim, o Sudão Francês (atual Mali) e o Níger, antes de ser reconstituída em 1947 graças a uma intensa pressão exercida pelos chefes mossi liderados pelo Mogho Naaba. Ao longo de todo este período, o território foi exclusivamente representado pela bandeira tricolor francesa.
República do Alto Volta e a primeira bandeira (1958–1984). A 11 de dezembro de 1958, o Alto Volta tornou-se uma república autónoma no seio da Comunidade Francesa, e a 5 de agosto de 1960 alcançou a independência plena sob a presidência de Maurice Yaméogo. A primeira bandeira nacional, adotada em 1959, era uma bandeira tricolor horizontal preto, branco e vermelho — cores que remetiam diretamente para os três rios Volta (Negro, Branco e Vermelho). Esta bandeira hasteou-se sobre o Alto Volta durante quase vinte e cinco anos turbulentos, marcados por vários golpes de Estado: Yaméogo foi derrubado por Sangoulé Lamizana em 1966, este foi por sua vez deposto por Saye Zerbo em 1980, seguido por Jean-Baptiste Ouédraogo em 1982.
A revolução de Sankara e a nova bandeira (1983–1984). A 4 de agosto de 1983, um grupo de jovens oficiais de esquerda liderado pelo capitão Thomas Sankara tomou o poder e proclamou o Conselho Nacional da Revolução (CNR). Sankara, então com 33 anos, lançou um dos programas de transformação mais radicais da história africana — campanhas massivas de vacinação, vastas operações de reflorestação contra a desertificação, reformas a favor dos direitos das mulheres e uma profunda recomposição cultural do Estado. A 4 de agosto de 1984, primeiro aniversário da revolução, o país passou oficialmente a chamar-se, em vez de Alto Volta, Burquina Faso — um nome híbrido que combina o moré (burkina — "íntegro, honesto") e o dioula (faso — "pátria"), significando "a pátria dos homens íntegros". No mesmo dia, a antiga bandeira preta, branca e vermelha foi substituída pelo atual desenho vermelho e verde com a estrela amarela, e foi adotado um novo hino nacional, "Ditanyè" (também conhecido como "Une seule nuit").
Depois de Sankara (1987–presente). Thomas Sankara foi assassinado a 15 de outubro de 1987 num golpe liderado pelo seu companheiro de armas Blaise Compaoré, que governaria o país durante os 27 anos seguintes, até ser afastado por um levantamento popular em outubro de 2014. Apesar desta inversão política dramática — Compaoré desmantelou a maior parte das políticas de Sankara —, a bandeira, o nome do país e o hino foram todos mantidos, prova de quão profundamente os símbolos de 1984 se enraizaram na identidade nacional. Desde 2022, Burquina Faso conheceu mais dois golpes militares, que levaram ao poder o capitão Ibrahim Traoré; este reivindica abertamente o legado de Sankara, e a bandeira de 1984 permanece o seu emblema visual central.
