O Vice-Reino do Rio da Prata, criado em 1776, fazia parte do Vice-Reino do Peru, que simplificou a administração dos territórios dependentes da Espanha na América do Sul. No entanto, não durou muito tempo e foi criado no início da luta pela independência na América Latina. O Uruguai, anteriormente chamado de Província Oriental, era uma das províncias do Vice-Reino do Rio da Prata e tinha a mesma bandeira que a oficial.
Os espanhóis chegaram ao Uruguai já em 1516, mas um papel importante na história do país foi desempenhado pelos portugueses, que chegaram um pouco mais tarde. Montevidéu, a capital do vice-reinado, foi ocupada pelos britânicos durante as guerras napoleônicas que precederam a independência do Uruguai. Apesar da forte identidade regional dos habitantes da Província Oriental, sua influência no vice-reinado era menos significativa do que em Buenos Aires.

Após a Revolução de Maio de 1810, o governo e o povo das Províncias Unidas do Rio da Prata formaram uma união de todos os estados do Vice-Reino da Prata para se tornarem independentes do domínio espanhol. A bandeira branca e azul de duas listras da época foi desenhada por Manuel Belgrano e foi a predecessora da moderna bandeira argentina. No entanto, o Paraguai, o Uruguai e a Bolívia escolheram um caminho diferente para a independência e se separaram das Províncias Unidas. A Liga Federal, criada por José Artigas, era uma confederação regional dentro das Províncias Unidas do Rio da Prata, e sua bandeira oficial era a bandeira de Artigas, com uma faixa branca no centro e três faixas azuis-vermelhas-azuis acima e abaixo dela. A Liga incluía o território do atual Uruguai e outras pequenas províncias argentinas. Atualmente, a bandeira de Artigas é o símbolo nacional do Uruguai e é considerada a precursora da independência do Uruguai das Províncias Unidas. O Artigas é considerado um símbolo do Uruguai e o progenitor do federalismo em ambos os países.

A província da Cisplatina, localizada no leste do Brasil, esteve sob ocupação portuguesa e brasileira de 1823 a 1825. A anexação de todo o território oriental ao Brasil levou à independência do Uruguai, quando os brasileiros se declararam uma nação independente. Nos primeiros anos de existência do Brasil como um estado autônomo, o território uruguaio estava sob seu domínio. A bandeira da província de Cisplatina consistia em um par de listras verdes e brancas com o brasão do reino no centro. A Resistência Uruguaia, conhecida como Los Treintas e Tres Orientales, foi um grupo que lutou pela independência do Uruguai em relação a Portugal, ao Brasil e a Agrave. A bandeira da Resistência consistia em três listras - azul, branca e vermelha - e a inscrição “Liberdade ou Morte”. A bandeira foi usada pelas tropas revolucionárias em batalhas contra o reino e até mesmo contra o Brasil.

Em 28 de agosto de 1828, foi assinada a Convenção Preliminar de Paz, que certificou a criação de um estado independente no território da Banda Oriental. Isso se tornou a base para o nascimento do Uruguai como um país independente, separado da Argentina e do Brasil. Em uma reunião em Villa Guadalupe, o governador interino Joaquín Suárez declarou a necessidade de criar sua própria bandeira nacional, já que a bandeira das Províncias Unidas do Rio da Prata havia sido usada até então. Portanto, em 16 de dezembro de 1828, foi aprovada uma lei para criar a bandeira nacional do Uruguai, que estabelecia que a bandeira nacional seria branca com nove listras azuis horizontais alternadas e um quadrado branco no canto superior do lado do mastro, no qual o sol seria colocado. As nove listras azuis representavam os departamentos em que o território do Uruguai estava dividido na época: Canelones, Cerro Largo, Colônia, Durasno, Maldonado, Montevidéu, Paysandú, San José e Soriano.
Em 12 de julho de 1830, a bandeira foi alterada. O significado dos símbolos permaneceu o mesmo, mas agora ela tinha 9 listras de acordo com os departamentos do Uruguai: Montevidéu, Maldonado, Canelones, San José, Colônia, Soriano, Paysandu, Durasno e Cerro Largo.