Em 1821, no início da Revolução Grega, cada corpo militar tinha sua própria bandeira, pois não havia um comando único. As bandeiras revolucionárias representavam o simbolismo de três cores da Sociedade de Amigos (branco, preto e vermelho) com imagens de símbolos como uma fênix ressurgindo das cinzas ou uma âncora, bandeiras com uma cruz ou uma águia, e assim por diante. Muitos vilarejos também usavam as bandeiras de suas igrejas paroquiais.
Em 1822, a Primeira Assembleia Nacional foi realizada em Epidauro, que adotou a “Constituição Provisória da Grécia”, a primeira constituição grega. Nessa constituição, foi decidido que a bandeira grega teria as cores azul e branca e que a forma seria definida pelo poder executivo, ou seja, o governo. Assim, foram estabelecidos os princípios básicos do design da bandeira grega, que são observados até hoje. Em 15 de março de 1822, foi emitida a Decisão 540 do Poder Executivo, assinada pelo Presidente do Corpo, Alexander Mavrokordatos.

Em 1832, o emblema real foi adicionado às bandeiras do exército e da marinha, mas foi removido com a abolição do governo de Otto. Mais tarde, durante o reinado de Jorge I, a coroa real foi adicionada às bandeiras do exército e da marinha, e a bandeira da infantaria recebeu a imagem de São Jorge. Em 1914, foi emitido um decreto real que determinou o formato das bandeiras sem alterar suas características básicas. No entanto, em 1924, as coroas foram removidas das bandeiras para implementar a resolução da Quarta Assembleia Nacional Constituinte em Atenas “Sobre a Proclamação da Democracia”, mas foram devolvidas em 1935. Posteriormente, a junta dos coronéis removeu a coroa das bandeiras, e uma nova resolução em 1969 aboliu a bandeira da infantaria, deixando a marinha como a bandeira oficial. Em 1970, a proporção das bandeiras foi alterada de 2:3 para 7:12.
Após a restauração da República no final de julho de 1974, foram emitidos uma lei e um decreto presidencial que descreviam os símbolos da bandeira em detalhes. Entretanto, uma lei posterior, de 1978, estabeleceu que a bandeira nacional deveria ser azul e branca e consistir em nove listras horizontais, sendo a primeira e a última azuis. Uma cruz branca é colocada no canto superior esquerdo contra um quadrado azul. A proporção entre a largura e o comprimento da bandeira é de 2:3.