A história da bandeira do Panamá remonta à época da colonização europeia, quando a Espanha controlava a terra. A bandeira oficial do país era então a bandeira da Espanha - duas faixas horizontais vermelhas ao longo das bordas com uma faixa amarela duas vezes mais larga e o brasão de armas no centro. Mesmo quando o Panamá se tornou parte de outro vice-reinado, a bandeira não mudou. Entretanto, quando surgiram movimentos de independência na América do Sul, os panamenhos criaram suas próprias bandeiras para refletir sua identidade.
A Grande Colômbia foi criada em 1819 e, após a ratificação por todos os estados membros em 1821, tornou-se um estado soberano. Ela é composta pela Colômbia, Panamá, Venezuela e Equador. No entanto, a existência da Grande Colômbia durou apenas nove anos, e sua bandeira era um tricolor horizontal amarelo, azul e vermelho com o brasão de armas da Grande Colômbia no centro. Após o colapso da Grande Colômbia, os estados membros se tornaram independentes novamente. O Panamá tornou-se parte da Colômbia como resultado da divisão. A Colômbia, a Venezuela e o Equador mantiveram o mesmo desenho da bandeira da Grande Colômbia. Esse desenho pode ser visto nas bandeiras modernas desses países. Embora o Panamá tenha suas próprias diferenças em sua bandeira nacional, ele também usa as cores vermelha e azul que estavam presentes na bandeira da Grande Colômbia.

Após o desmembramento da Grande Colômbia, as províncias foram divididas de diferentes maneiras. O Panamá e outras províncias colombianas tornaram-se parte da República de Nova Granada. A bandeira da Nova Granada consistia em três faixas verticais de vermelho, azul e amarelo na sequência apropriada. O Panamá permaneceu nessa confederação até 1858, quando a confederação entrou em colapso e teve início o período federalista. Em 1863, o país foi renomeado como Estados Unidos da Colômbia, onde cada região começou a operar de forma independente. A bandeira dos Estados Unidos da Colômbia foi usada de 1863 a 1886 e consistia em três listras horizontais: amarela, azul e vermelha na ordem correspondente, sendo que a amarela tinha o dobro da largura das outras. Após a centralização da República de Nova Granada em 1863, decidiu-se dividir a Colômbia em estados federais.

A Colômbia e o Panamá tinham bandeiras diferentes durante o período federal. A Colômbia não tinha diferenças em relação à bandeira dos Estados Unidos da Colômbia e continuou a usá-la até 1903, enquanto o Panamá tinha uma bandeira diferente com o brasão de armas e a inscrição “Estado Soberano do Panamá”. Depois de conquistar a independência em 1903, o Panamá mudou sua bandeira.
A bandeira do Panamá foi baseada na bandeira dos EUA, mas com as cores da bandeira da Colômbia. O desenho tinha listras vermelhas e amarelas que simbolizavam a Espanha e um sol que representava a posição do Panamá no continente. Entretanto, esse desenho não se tornou oficial. Em 1903, foi criada a bandeira moderna do Panamá, mas com um quadrado azul no canto superior esquerdo, que é uma versão invertida da bandeira atual. Manuel Amador Guerrero, um dos principais apoiadores da independência do Panamá, foi o responsável pela criação da bandeira. Ele pediu a seu filho que criasse um novo protótipo depois que o primeiro desenho foi rejeitado.

O filho criou a bandeira do Panamá que é usada até hoje. Ele baseou a forma da bandeira no status político do Panamá e usou o branco como símbolo da paz. A bandeira foi hasteada oficialmente em 3 de novembro de 1903, após a independência do Panamá. Esse dia é oficialmente comemorado como o dia da separação do Panamá da Colômbia. Para garantir que o quadrado branco com uma estrela azul fosse hasteado primeiro no mastro, decidiu-se virar a bandeira de cabeça para baixo. Amador Guerrero propôs essa mudança ao Congresso panamenho. Em 1903, a bandeira começou a ser usada oficialmente, mas a aprovação legal dessa mudança foi recebida somente em 1925. Nos últimos 100 anos, a bandeira do Panamá permaneceu inalterada.