Em 1857, os Estados Unidos anexaram a Ilha Navassa de acordo com a Lei Guano, que permitia que os cidadãos americanos ocupassem ilhas desabitadas ricas em guano, que era usado como fertilizante valioso. Depois disso, a ilha passou a ser administrada pelos Estados Unidos e, consequentemente, a bandeira oficial dos EUA foi usada nela. No entanto, o Haiti também reivindica a ilha com base em reivindicações históricas, mas essa disputa não levou à criação de uma bandeira separada para Navassa.
Atualmente, a Ilha Navassa faz parte do Refúgio Nacional de Vida Selvagem dos EUA e é gerenciada pelo Serviço de Pesca e Vida Selvagem dos EUA. Nesse sentido, a ilha usa a bandeira oficial dos Estados Unidos e a bandeira desse serviço, que representa o gerenciamento e a proteção dos recursos naturais. Essa situação enfatiza as peculiaridades do gerenciamento político e administrativo da ilha, bem como sua importância como reserva natural.