Depois que a Guatemala declarou sua independência em 15 de setembro de 1821, a assembleia provincial convocada pelo governo em 10 de maio de 1823 decidiu adotar temporariamente uma bandeira branca com uma estrela vermelha no centro.
Em 21 de agosto de 1823, a Assembleia Nacional Constituinte das Províncias Unidas da América Central concedeu uma bandeira ao novo estado. A bandeira consistia em três listras horizontais, azuis na parte superior e inferior e brancas no centro, nas quais estava representado o brasão de armas. Quando a Costa Rica se uniu à República Centro-Americana em 6 de março de 1824, adotou essa bandeira.

Em 2 de novembro de 1824, foi aprovada a bandeira das Províncias Unidas da América Central, composta por três faixas horizontais: azul, branca e azul, com o brasão das Províncias Unidas no centro da faixa branca e o brasão do Estado da Costa Rica na faixa azul inferior.
Em 1840, a bandeira nacional voltou a usar um único brasão no centro, mas a ordem das listras mudou. Agora a faixa azul estava no centro, e as duas faixas brancas estavam de cima para baixo. Essa versão da bandeira foi usada por apenas dois anos, até 1842.
A bandeira tricolor atual e o motivo central do brasão de armas surgiram durante o reinado do Dr. José Maria Castro em 1848.

A bandeira era uma bandeira tricolor de cinco listras colocadas horizontalmente na seguinte sequência: uma faixa vermelha, duas vezes mais larga que as outras, no centro, entre duas faixas brancas, cada uma seguida por uma faixa azul. O brasão de armas da República está bordado no centro da faixa vermelha.
O conceito e o desenho da bandeira atual, que está em uso desde este ano, foram desenvolvidos pela Sra. Pacifica Fernández Orimuno, esposa do então Chefe de Estado, Dr. José María Castro Madríz, e foram inspirados na bandeira da França.