Em 1924, os soviéticos assumiram o controle do Turquestão Ocidental e prometeram igualdade para todos os grupos étnicos. O Quirguistão recebeu sua própria região autônoma. Dentro da URSS, foi concedido o status de república autônoma em 1926 e, em 1936, foi elevada a república sindical.

Em 1953, a SSR do Quirguistão adotou uma versão modificada da bandeira vermelha soviética, acrescentando uma faixa horizontal azul-branca-azul no meio. O Quirguistão declarou sua independência em 31 de agosto de 1991, quatro meses antes do colapso da União Soviética. Mas durante sete meses após a independência, a bandeira da era soviética foi usada como bandeira nacional. A bandeira da República Socialista Soviética do Quirguistão (SSR) foi substituída pela bandeira da República do Quirguistão em 1992, alguns meses após a independência do país. Ela foi finalmente alterada para o desenho atual em 3 de março de 1992, um dia depois que o Quirguistão e sete outros países pós-soviéticos foram admitidos nas Nações Unidas.