A bandeira do Afeganistão passou por muitas mudanças ao longo do tempo. No século XIX, uma bandeira com uma cor preta sólida era usada como bandeira do Afeganistão. No início do século XX, o emblema nacional foi adicionado à bandeira.

A bandeira preta, que foi retirada da bandeira de Abu Muslim durante a revolta de Khorasani, foi usada como cor de fundo da bandeira afegã até 1928. Desde 1928, quando o Reino do Afeganistão começou a existir, a bandeira tricolor do Afeganistão, preta, vermelha e verde, com o emblema nacional, foi aprovada pelo rei Amanullah Khan. O brasão retrata um sol dourado surgindo entre montanhas cobertas de neve, marcando o início do reino afegão. O símbolo de um sol amarelo em um fundo vermelho agora pode ser visto na atual bandeira da Macedônia do Norte. Essa bandeira tricolor do Afeganistão foi usada por apenas dois anos, entre 1928 e 1929.
Depois, também por dois anos, de 1978 a 1980, quando a República Democrática do Afeganistão chegou ao poder, foi usada a bandeira vermelha do Afeganistão com um símbolo amarelo no canto superior esquerdo da bandeira. A palavra “Khalk” estava escrita na bandeira, que era o símbolo do Partido Democrático do Povo do Afeganistão e significava “Povo”.
Em 1996, quando o governo Talibã assumiu o poder no Afeganistão, o país passou a se chamar Emirado Islâmico do Afeganistão, e a bandeira do Afeganistão foi alterada para a cor branca, à qual foi acrescentada posteriormente a inscrição La ilaha ila Allah Muhammad Rasulullah, referindo-se ao princípio principal da fé islâmica: “Não há outro Deus além de Alá”.
A bandeira preta, vermelha e verde do Afeganistão foi aprovada em 2004. Essa bandeira ainda é usada internacionalmente, demonstrando o reconhecimento como uma República Islâmica, apesar do governo do Talibã desde 2021 e do uso da bandeira do Talibã no Afeganistão, que tinha o status de bandeira nacional de 1996 a 2001.