O território da Tanzânia moderna foi o lar de muitos povos antes da chegada dos colonizadores europeus. O litoral tem sido um centro de comércio desde o século V a.C., quando mercadores da Grécia, Roma, Fenícia, Arábia, Pérsia e Índia trocavam mercadorias com os habitantes locais. Em 1498, o português Vasco da Gama foi o primeiro europeu a chegar ao litoral, abrindo a Tanzânia para os exploradores europeus. No século XVI, Portugal capturou Zanzibar, mas as bandeiras como símbolos de estado não existiam durante esse período.
Em 1885, o território tornou-se parte da África Oriental Alemã. Tudo começou quando Karl Peters, um aventureiro e fundador da Sociedade Alemã de Colonização, assinou acordos com líderes locais e, em 3 de março de 1885, Otto von Bismarck anunciou a criação do protetorado. Inicialmente, a Companhia Alemã da África Oriental (DOAG) estava no comando, dedicando-se ao comércio, ao cultivo de café e borracha e à construção de ferrovias. Mas a exploração severa provocou resistência, incluindo a revolta de Abushiri em 1888-1889. Em 1891, devido a problemas financeiros e à incapacidade da empresa de reprimir as revoltas, o governo alemão assumiu o controle direto, transformando a região em um protetorado. A colônia desenvolveu sua economia com a construção de portos e plantações, mas a repressão de revoltas, como a revolta Maji-Maji de 1905-1907, custou milhares de vidas. Durante a Primeira Guerra Mundial, em 1916, as tropas britânicas ocuparam a maior parte do território e, em 1919, a Alemanha perdeu a colônia devido ao Tratado de Versalhes. De 1885 a 1891, a bandeira da empresa era branca com uma cruz preta dividindo a bandeira em quatro partes. No canto superior esquerdo, havia um quadrado vermelho com cinco estrelas brancas dispostas no formato do Cruzeiro do Sul. A cor branca simbolizava a pureza das ambições coloniais, a cruz preta - a força alemã, o quadrado vermelho - a bravura, e as estrelas indicavam a localização da colônia no hemisfério sul.

Depois de 1891, o tricolor imperial tornou-se a bandeira oficial - três listras horizontais: preta, branca e vermelha. O preto representava a unidade da Alemanha, o branco a pureza dos ideais imperiais e o vermelho a prontidão para lutar. Desde 1898, os governadores usam uma bandeira tricolor com um brasão de armas no centro de uma faixa branca - um leão preto em um fundo branco, às vezes com uma palmeira, simbolizando o poder do império e a natureza africana. Desde 1893, os prédios oficiais ostentam a bandeira do Ministério das Relações Exteriores, um tricolor com um disco branco e uma águia imperial no centro, que simboliza o poder do Estado. Essas bandeiras sobrevoavam Dar es Salaam, mas, para os habitantes locais, eram um sinal de dominação estrangeira.
Após a derrota da Alemanha na Primeira Guerra Mundial, em 1919, a Liga das Nações colocou Tanganica sob o mandato britânico. Os britânicos administraram o território até 9 de dezembro de 1961, quando Tanganica conquistou a independência. Nos primeiros anos do mandato, na década de 1920, eles se concentraram na construção de estradas, ferrovias e plantações, mas mantiveram a população local à sombra do sistema colonial. Na década de 1930, começaram a surgir os primeiros movimentos políticos e, após a Segunda Guerra Mundial, em 1946, Tanganica tornou-se um território de confiança da ONU, o que fortaleceu o desejo de autogoverno. Em 1954, Julius Nyerere fundou a União Nacional Africana de Tanganica (TANU), que conduziu pacificamente o país à liberdade. As eleições de 1958-1960 lançaram as bases para a independência, quando a TANU obteve um apoio esmagador. A bandeira desse período era a British Blue Ensign ou a Red Ensign, com a Union Jack no canto superior esquerdo em um fundo azul. No lado direito, mais próximo da borda livre, havia um disco branco com a imagem da cabeça de uma girafa em tons naturais de marrom e amarelo, enquanto na bandeira azul a cabeça da girafa era colocada sem o disco branco. A cor azul representava o poder marítimo da Grã-Bretanha, a Union Jack, sua autoridade, e a cabeça da girafa simbolizava a natureza única de Tanganica, já que esses animais são ícones da savana africana, personificando a graça e a previsão. A bandeira foi oficialmente introduzida em 1923 e foi hasteada em prédios do governo, escolas e portos em Dar es Salaam até a independência.

Enquanto isso, em Zanzibar, em 1698, os árabes de Omã expulsaram os portugueses, capturando o forte e tornando a ilha parte do Sultanato de Omã. Zanzibar tornou-se um centro de comércio de especiarias, escravos e marfim, ligando a Arábia, a Índia e a África Oriental. Até 1856, a ilha prosperou graças às rotas marítimas e às plantações de cravo. A bandeira era um tecido vermelho sólido, típico dos governantes de Omã. A cor vermelha representava o poder do sultão, a força militar e o poder comercial, mas não refletia a cultura suaíli ou a população africana.
Em 1856, a morte do sultão Said bin Sultan dividiu seu império. Zanzibar tornou-se um sultanato independente sob o comando de Majid bin Said, controlando parte da costa leste da África. A ilha atingiu o auge econômico, tornando-se líder mundial na produção de cravo, e o comércio de escravos trouxe enormes lucros. A bandeira permaneceu vermelha sólida, como a de Omã. Em 1890, Zanzibar ficou sob o protetorado britânico sob o Acordo Heligoland-Zanzibar, perdendo seus territórios continentais para a Alemanha. O sultão continuou sendo o governante nominal, mas a Grã-Bretanha controlava a política externa e o comércio. Em 1896, uma guerra de 38 minutos, a mais curta da história, reprimiu a tentativa de Khalid bin Bargash de tomar o trono, consolidando o domínio britânico. A bandeira do sultanato permaneceu em vermelho sólido.

Em 9 de dezembro de 1961, Tanganica conquistou a independência da Grã-Bretanha, tornando-se pioneira na região. Foi uma época de reforma e esperança, pois o país, sob a liderança de Julius Nyerere, construiu um novo futuro. Em 1963, Tanganica se proclamou uma república, finalmente se livrando da monarquia. A bandeira da Tanganica independente consistia em cinco listras horizontais: verde, amarela, preta, amarela e verde. O verde representava a agricultura e a natureza exuberante, o preto representava o povo de Tanganica e o amarelo representava os ricos recursos minerais, como ouro e diamantes.
Em 10 de dezembro de 1963, Zanzibar também conquistou a independência da Grã-Bretanha como uma monarquia constitucional sob o comando do sultão Jamshid bin Abdullah. Porém, em 12 de janeiro de 1964, uma revolução liderada pelo partido Afro-Shirazi derrubou a monarquia, proclamando a República Popular de Zanzibar e Pemba. Durante a monarquia, a bandeira tornou-se vermelha com um disco verde no centro, sobre o qual havia dois cravos dourados. A cor vermelha preservava a herança do sultanato, o disco verde representava a natureza e a agricultura, e os cravos representavam o orgulho econômico, pois Zanzibar continuava sendo líder em suas exportações.

Após a revolução, de janeiro a abril de 1964, a bandeira mudou para um tricolor horizontal de listras azuis, pretas e verdes. O azul simbolizava o Oceano Índico, o preto, a população africana, e o verde, a vegetação tropical e a agricultura.
Em 26 de abril de 1964, Zanzibar se uniu a Tanganica para formar a República Unida da Tanzânia. A união, liderada por Julius Nyerere e Abeid Karume, deveria unir forças econômicas e políticas. Em 30 de junho de 1964, Zanzibar adotou a bandeira da Tanzânia: um triângulo superior verde e um triângulo inferior azul, separados por uma faixa diagonal preta com bordas amarelas. O verde representava a agricultura e a natureza, o azul o oceano e os recursos hídricos, o preto o povo da Tanzânia e o amarelo as riquezas minerais, como o ouro. O desenho diagonal simbolizava a unidade de Tanganica e Zanzibar, combinando suas cores em um único tecido.