Período pré-colonial. Desde o século IX, existiram grandes impérios muçulmanos no território do atual Chade — Kanem, mais tarde Kanem-Bornu, bem como os sultanatos de Bagirmi e Uadai. Estes Estados usavam as suas próprias bandeiras e estandartes — na sua maioria estandartes verdes, brancos e pretos com caligrafia árabe, típicos dos sultanatos islâmicos da região do Sahel. A bandeira moderna do Chade não herdou quaisquer elementos visuais destas bandeiras históricas.
Era colonial (1900–1958). Os franceses começaram a penetrar na região na década de 1890. Em 1900, após a Batalha de Kousséri, na qual as tropas francesas derrotaram o exército do traficante de escravos Rabih az-Zubayr, o território passou para o controlo militar francês. Em 1920, o Chade tornou-se oficialmente uma colónia como parte da África Equatorial Francesa. Ao longo de todo o período colonial, apenas o tricolor francês foi usado no território — a colónia não tinha uma bandeira separada.
Um capítulo à parte é a Segunda Guerra Mundial. Em agosto de 1940, o Chade, sob o governador Félix Éboué (o primeiro governador negro de uma colónia francesa), tornou-se o primeiro território a aderir à "França Livre" de Charles de Gaulle. Foi do Chade que a coluna do coronel Leclerc partiu na sua histórica incursão através do Sara até à Líbia. Esta era reforçou os laços franco-chadianos que mais tarde se refletiram na escolha das cores da bandeira nacional.
Autonomia e nascimento da bandeira (1958–1959). Em 28 de novembro de 1958, o Chade recebeu o estatuto de república autónoma dentro da Comunidade Francesa. Surgiu a questão da sua própria bandeira. A primeira versão, proposta em 1958, repetia a paleta pan-africana do Gana — verde, amarelo e vermelho — com uma disposição vertical das faixas. No entanto, verificou-se que este design era quase idêntico à bandeira recentemente adotada do Mali (então República Sudanesa).
Por isso, em 1959, a Assembleia Constituinte Provisória do Chade, sob a liderança do primeiro Primeiro-Ministro François Tombalbaye, tomou uma decisão de compromisso: substituir o verde pelo azul (índigo). Assim surgiu uma combinação única — azul-amarelo-vermelho — que prestava simultaneamente homenagem à tradição metropolitana francesa (azul e vermelho do tricolor) e ao movimento pan-africano (amarelo e vermelho). A bandeira foi oficialmente aprovada em 6 de novembro de 1959.

Independência e uso posterior (1960 – presente). Em 11 de agosto de 1960, o Chade proclamou a sua independência, e a bandeira de 1959 tornou-se automaticamente o símbolo estatal da nova república. Ao contrário de muitos países africanos que mudaram repetidamente as suas bandeiras após a independência devido a golpes de Estado, revoluções ou mudanças ideológicas, o Chade manteve a sua bandeira inalterada durante mais de 65 anos — apesar das guerras civis de 1965–1979 e 2005–2010, numerosos golpes de Estado e mudanças de regime.
O incidente diplomático de 2004. Até 1989, a bandeira romena tinha um brasão estatal no centro da faixa amarela, o que a distinguia claramente da chadiana. Após a Revolução Romena de 1989, o brasão foi removido — e as duas bandeiras tornaram-se praticamente idênticas. Em abril de 2004, quando a Roménia se preparava para aderir à NATO, o presidente chadiano Idriss Déby apelou às Nações Unidas para que considerassem a situação. Bucareste respondeu que o tricolor romeno tem uma história que remonta a 1848 e que não haveria abandono dele. A questão foi discretamente abafada, e ambos os países continuam a usar bandeiras quase idênticas — um caso raro na prática internacional.
A atualidade. A bandeira do Chade continua a ser um dos símbolos mais estáveis do país. É usada em todos os edifícios governamentais, em embaixadas, em uniformes militares e em eventos desportivos nacionais. Apesar da turbulência política das últimas décadas — incluindo a morte do presidente Idriss Déby em 2021 e a transferência do poder para o seu filho Mahamat — o design da bandeira nunca foi posto em causa.