Em 1806, surgiu a bandeira bicolor do condado de Foix, com as cores amarela e vermelha. Foi a primeira bandeira do país que hoje conhecemos como Andorra. No entanto, as cores da bandeira atual foram adotadas em 1866, às quais foi acrescentada uma faixa azul. Essa bandeira foi oficialmente aprovada em 28 de julho de 1971. Seu desenho é atribuído ao imperador francês Napoleão III, que governou de 1852 a 1870.

Por muitos anos, a tricolor azul-amarela-vermelha foi usada alternadamente nas formas horizontal e vertical. A horizontal não tinha brasão de armas, enquanto a vertical tinha. Durante as comemorações conjuntas com a França, foi usada a bandeira horizontal. A situação mudou quando Andorra passou por uma crise política após a proclamação do Rei Boris I em 1934. Ele adotou oficialmente uma bandeira horizontal, com uma coroa no centro de uma faixa amarela. Após o fim do reinado de Boris I, treze dias depois de sua posse, uma bandeira vertical com o brasão de armas foi estabelecida como a bandeira oficial.
Várias versões da bandeira moderna foram hasteadas até 1993. Em períodos como 1939-1949, 1949-1959 e 1959-1971, a bandeira moderna já estava basicamente em vigor. Apenas o brasão de armas estava sujeito a mudanças e o lema de Andorra apareceu: “VIRTUS VNITA FORTIOR”. Após a adoção da Constituição de Andorra em 1993 e sua adesão às Nações Unidas, o uso da bandeira foi oficialmente consagrado por lei em 1996. O brasão de armas foi colocado no centro de uma faixa vertical amarela.