Era pré-colonial. Antes do contacto com os europeus, o território do atual Botsuana era habitado sobretudo por povos de língua tswana, organizados em vários chefados — os bangwato, os bakwena, os bangwaketse, entre outros. Estas comunidades políticas não utilizavam bandeiras no sentido europeu do termo; a autoridade política exprimia-se através da instituição do kgosi (chefe), da riqueza em gado e da kgotla, a assembleia pública tradicional.
Protetorado da Bechuanalândia (1885-1966). Em 1885, receando a expansão dos colonos bóeres do Transvaal e da British South Africa Company de Cecil Rhodes, vários chefes tswana — sendo o mais célebre Khama III, dos bangwato — apelaram à proteção da Coroa britânica. O território foi proclamado Protetorado da Bechuanalândia, administrado separadamente da Colónia do Cabo e, fator essencial, nunca incorporado na África do Sul. Durante todo este período, o território não dispôs de bandeira própria, sendo representado pela Union Jack britânica. Uma particularidade da Bechuanalândia residia no facto de a sede administrativa do protetorado se encontrar, até 1965, fora das suas fronteiras, em Mafeking (atual Mahikeng), na África do Sul.
Caminho para a independência (1965-1966). Em 1965 foi concedido o autogoverno interno, a capital foi transferida para a recém-construída cidade de Gaborone e Seretse Khama — herdeiro do chefado dos bangwato e fundador do Partido Democrático da Bechuanalândia — tornou-se primeiro-ministro. À medida que a independência se aproximava, o Governo rejeitou deliberadamente vários projetos de bandeira baseados nas cores pan-africanas. O desenho escolhido pretendia sublinhar que o novo Estado seria definido não por categorias étnicas ou raciais, mas por uma cidadania partilhada e pelo papel central da água na vida nacional.

Independência e adoção da bandeira (1966). Em 30 de setembro de 1966, o Protetorado da Bechuanalândia tornou-se a República independente do Botsuana, tendo Seretse Khama como primeiro presidente. À meia-noite desse dia, em Gaborone, a Union Jack foi arriada e a nova bandeira azul, preta e branca foi içada pela primeira vez. Desde então, o desenho mantém-se totalmente inalterado — algo raro na África pós-colonial, onde a maioria dos Estados reviu pelo menos uma vez as suas bandeiras.
Situação atual. A bandeira do Botsuana figura entre os símbolos nacionais mais estáveis do continente. A sua utilização é regulada pela legislação nacional relativa aos símbolos do Estado, sendo hasteada a par do brasão de armas do país (com duas zebras e o lema «Pula») e do hino nacional «Fatshe leno la rona» («A Nossa Terra»). A bandeira é amplamente vista em eventos desportivos — em particular nas partidas da seleção nacional de futebol, apelidada de «Zebras», alcunha que remete diretamente para a mesma simbologia a preto e branco.