Muito antes de existir qualquer bandeira no atual território angolano, floresceram estados poderosos. O mais extenso foi o Reino do Congo, que entre os séculos XIV e XIX se estendia do norte de Angola até às atuais repúblicas do Congo. O navegador português Diogo Cão desembarcou na costa em 1484 e, pouco depois, Portugal e o Congo estabeleceram relações comerciais. Em 1575, Portugal fundou Luanda — cidade que continua a ser a capital de Angola. Durante os séculos XVI a XIX, Angola tornou-se um dos principais nós do tráfico transatlântico de escravos: segundo diversas estimativas, cerca de 4 milhões de pessoas foram embarcadas à força pelos seus portos.
Sob o domínio colonial português (1575–1975) não existiu qualquer bandeira angolana: sobre o território arvorava o pavilhão de Portugal, enquanto as estruturas administrativas utilizavam brasões coloniais.
Em 1956 foi fundado em Luanda o MPLA — Movimento Popular de Libertação de Angola. A organização tornou-se rapidamente a principal força do movimento anticolonial, apoiando-se sobretudo no povo mbundu e na intelectualidade urbana. Em 1961, o MPLA iniciou a luta armada, e foi então que surgiu a primeira bandeira do movimento: um pano vermelho e preto com uma estrela amarela ao centro. Paralelamente atuavam outros dois movimentos: a FNLA (Frente Nacional de Libertação de Angola), liderada por Holden Roberto, e a UNITA, fundada em 1966 por Jonas Savimbi.
Alguns vexilólogos assinalam a semelhança entre a bandeira do MPLA e a do Viet Cong — vermelho e azul com uma estrela amarela. Se o MPLA imitou conscientemente esse modelo ou se se trata simplesmente de uma confluência da simbologia dos movimentos de esquerda da época, não há uma resposta definitiva; ambas as versões merecem ser mencionadas.
A 25 de abril de 1974, jovens oficiais portugueses derrubaram a ditadura em Lisboa. A chamada Revolução dos Cravos pôs fim ao Estado Novo, que se recusava a libertar as suas colónias. Já em janeiro de 1975, os três movimentos angolanos assinaram o Acordo de Alvor: estabelecia um governo de transição e fixava a data da independência para 11 de novembro de 1975.

Mas a trégua durou pouco. Em julho de 1975, o MPLA expulsou a FNLA de Luanda; a UNITA retirou-se voluntariamente para o sul. Na linha da frente não se enfrentavam apenas angolanos: os EUA e o Zaire apoiavam a FNLA e a UNITA; a URSS e Cuba apoiavam o MPLA. No sul operavam unidades sul-africanas. A 10 de novembro de 1975, os portugueses abandonaram Luanda sem entregar o poder a nenhuma das partes. À meia-noite de 11 de novembro, o líder do MPLA, Agostinho Neto, proclamou a independência da República Popular de Angola — e nessa mesma noite, Joaquina, Ruth Lara e Cici Cabral coseram o primeiro exemplar oficial da bandeira do novo estado.
A independência não trouxe a paz. A guerra civil entre o MPLA e a UNITA prolongou-se 27 anos, até à morte de Jonas Savimbi a 22 de fevereiro de 2002. A bandeira permaneceu inalterada durante todo esse tempo, embora em 1992 a constituição tenha sido reescrita: a palavra «revolução» foi substituída por «defesa da pátria», e o «internacionalismo» por «solidariedade internacional». Após o fim da guerra, em 2003, o parlamento analisou uma proposta de alteração da bandeira como gesto de reconciliação e distanciamento da simbologia marxista. O concurso foi ganho por um design com o pseudónimo «Katica»: três faixas horizontais de azul, branco e vermelho com um sol dourado inspirado nos petróglifos de Tchitundo-Hulu, na província do Namibe. No entanto, a proposta foi rejeitada: uma parte demasiado ampla da sociedade considerava que mudar a bandeira significava apagar a memória da luta pela independência.