No Paraguai pré-histórico, os nativos usavam vários elementos, como penas, chifres de veado e outros elementos para identificar sua tribo. Durante a emancipação política em 1811, foi hasteada uma bandeira azul com uma estrela branca de seis pontas, que era diferente da bandeira espanhola e simbolizava a independência do país. Essa bandeira foi usada durante todo o período de emancipação e se tornou a precursora do primeiro emblema nacional do Paraguai.
Durante o Congresso Geral do Paraguai, realizado em 1811, foi hasteada uma bandeira composta por três listras horizontais: azul e vermelho e amarelo, cores da bandeira espanhola. Ela foi usada de 1811 a 1812.

A primeira bandeira da República do Paraguai era vermelha, branca e azul, sem o brasão real. Ela foi hasteada em 15 de agosto de 1812 e usada até aproximadamente 1826, quando foi substituída por uma nova bandeira.

Em 1826, o Dr. Gaspar Rodriguez de Francia introduziu uma bandeira azul com uma estrela branca de seis pontas por meio de um decreto especial. Entretanto, até 1840, essa bandeira foi usada junto com outra tricolor, pois muitas guarnições não tinham uma bandeira adequada. Posteriormente, em 1842, foi emitido um decreto sobre uma única bandeira tricolor, que não permitia o hasteamento de outras bandeiras. Desde então, o tricolor não mudou e ainda é usado dessa forma. As únicas mudanças dizem respeito às proporções da bandeira e ao brasão de armas, que foi colocado na faixa branca central.