Antes da colonização, Wallis e Futuna existiam como reinos polinésios separados, cada um com suas próprias tradições e estrutura política. As ilhas eram governadas por chefes e reis locais que governavam por meio de costumes e leis locais. Embora não houvesse bandeiras oficiais no sentido moderno, muitas sociedades polinésias tinham símbolos religiosos e culturais que desempenhavam um papel importante em suas vidas. Cada um dos reinos (Uvea em Wallis e Alo e Sigaa em Futuna) usava seus próprios símbolos tradicionais associados às famílias reais, mas esses símbolos não eram representados na forma de bandeiras.
Antes do protetorado francês, o Reino de Uwea (Wallis) tinha uma bandeira vermelha com uma cruz branca que se assemelhava à cruz de Malta. Essa cruz foi introduzida pelos missionários católicos franceses, os Irmãos Maristas, como parte de suas atividades de evangelização. Quando o protetorado francês foi oficialmente estabelecido em 1887 para Wallis e em 1888 para Futuna, o tricolor francês foi adicionado ao cantão da bandeira existente. Essa mudança simbolizou o novo status político das ilhas sob o protetorado francês. A bandeira vermelha com uma cruz branca tornou-se a representação oficial de Uva e, mais tarde, foi estendida a toda Wallis e Futuna, com variações da bandeira representando seus reinos tradicionais preservadas em cada ilha ao lado da bandeira francesa. A adição do tricolor francês no cantão significou a soberania francesa sobre as ilhas, preservando a identidade cultural e religiosa estabelecida por meio da cruz.
Em 1961, Wallis e Futuna foram oficialmente reconhecidas como um território ultramarino francês, consolidando ainda mais a presença de símbolos franceses na bandeira local. Esse status permitiu que as ilhas mantivessem um certo grau de autonomia, embora estivessem sob controle administrativo francês. Assim, a bandeira passou a simbolizar essa dupla identidade: tradicional e colonial. Na década de 1980, as Ilhas Wallis e Futuna viram um importante desenvolvimento em sua identidade cultural: os reinos de Alo(3) e Sigave(2), que fazem parte de Futuna, criaram suas próprias bandeiras. Isso foi feito para enfatizar sua soberania e identidade locais, enquanto a bandeira tradicional de Wallis e Futuna permaneceu para o reino de Uvea(1) (Wallis).

Todas as três bandeiras contêm a tricolor francesa no canto, simbolizando a conexão com a França, que é a soberana desses territórios. Essas bandeiras continuam a ser usadas durante celebrações e feriados tradicionais.
A atual bandeira não oficial de Wallis e Futuna consiste em um tecido vermelho com quatro triângulos brancos formando a cruz de Santo André no centro. No canto superior esquerdo está a tricolor francesa, cercada por uma borda branca, simbolizando o status do território como uma comunidade ultramarina francesa. Essa bandeira se tornou um símbolo muito difundido e é usada tanto em eventos oficiais quanto em celebrações culturais nas ilhas. A cruz branca, formada por quatro triângulos, representa os três reinos das Ilhas Wallis e Futuna (Uvea, Alo e Sigave), bem como o administrador que atua em nome da França. O ano exato da criação dessa bandeira é desconhecido, mas ela tem sido usada mais ativamente desde a década de 1980, quando cada um dos três reinos recebeu seus próprios símbolos.