A ilha foi descoberta por Cristóvão Colombo durante sua segunda viagem ao Novo Mundo em 11 de novembro de 1493, dia de São Martinho de Tours, que lhe deu o nome. Sint Maarten era originalmente habitada por povos indígenas, como os Arawaks e os Caribs, que viviam aqui muito antes da chegada dos europeus.
A colonização europeia da ilha começou em 1631, quando os holandeses estabeleceram seu primeiro assentamento permanente na ilha e construíram o Forte Amsterdã. Nas décadas seguintes, a ilha mudou de mãos entre holandeses, espanhóis, franceses e britânicos até ser finalmente dividida entre a Holanda e a França em 1817.
A história da bandeira de São Martinho faz parte de sua herança colonial e identidade nacional. Desde a época da colonização pelos holandeses até o momento em que a ilha ganhou sua autonomia, ela usou as bandeiras da metrópole. A bandeira da Holanda continuou sendo a bandeira oficial.
No entanto, com a conquista da autonomia em 2010 como parte do Reino dos Países Baixos, São Martinho adotou sua própria bandeira para simbolizar seu novo status. A bandeira de São Martinho foi aprovada em 13 de junho de 1985.