Barthelemy foi descoberta por Cristóvão Colombo durante sua segunda viagem ao Novo Mundo em 1493. Colombo batizou a ilha em homenagem a seu irmão, Bartolomeu. Entretanto, a ilha permaneceu desabitada por séculos após sua descoberta.
Em 1648, colonos franceses da ilha de St. Kitts estabeleceram-se em St. Barthelemy, mas a ilha não tinha grande importância econômica e estava sujeita a vários ataques de piratas. Em 1651, a ilha ficou sob o controle da Ordem de Malta, mas em 1674 tornou-se novamente uma colônia francesa.
Em 1784, a França vendeu St. Barthelemy para a Suécia, que fez uma contribuição significativa para o desenvolvimento da ilha, incluindo a construção da capital, Gustavia, nomeada em homenagem ao Rei Gustav III, e o estabelecimento da liberdade econômica, que contribuiu para o crescimento do comércio. Em 1878, St. Barthelemy voltou a fazer parte da França. Desde então, continua sendo uma colônia francesa e, posteriormente, recebeu o status de território ultramarino.
Assim, as seguintes bandeiras foram usadas na ilha:
- Período francês (até 1784): A ilha usava a bandeira francesa.
- Domínio sueco (1784-1878): Durante o domínio sueco, foi usada a bandeira sueca.
- Retorno à França (desde 1878): Após retornar à França, a ilha voltou a usar a bandeira tricolor francesa, que permanece oficial até hoje.