Durante vários séculos, o Chipre fez parte do Império Otomano e foi representado pela bandeira turca. Em 1878, o Reino Unido obteve o controle administrativo sobre a nação insular. Posteriormente, a bandeira colonial britânica sobrevoou a ilha, composta pela bandeira azul britânica e a Union Jack no cantão (parte superior esquerda da bandeira) e um par de dois leões reais vermelhos no brasão. Os cipriotas gregos e os turcos que viviam na ilha usavam as bandeiras da Grécia e da Turquia como suas bandeiras nacionais.

Depois que o Chipre declarou independência da Grã-Bretanha, foi organizada uma competição para escolher o desenho da bandeira. Foi determinado que a bandeira não deveria usar a cor vermelha, pois ela é associada à Turquia, e o azul não poderia ser usado, pois é associado à Grécia. O arcebispo Makarios, o primeiro presidente do Chipre, e Fazil Kucuk, o vice-presidente, aceitaram a bandeira do Sr. Güney. Ambos concordaram que essa era a melhor das opções apresentadas e aprovaram o esboço do professor, e a bandeira começou a ser usada em 16 de agosto de 1960, de acordo com os acordos de Zurique e Londres que declararam o Chipre um estado independente. Tendo perdido sua batalha contra o câncer, Ismet Güney morreu aos 77 anos de idade em 2009. É importante ressaltar que, em 2006, Güney pediu ao governo que lhe pagasse royalties por seu desenho, bem como uma compensação pelo uso de seus direitos autorais. De acordo com Ismet, Makarios lhe prometeu 20 libras cipriotas por ano para ganhar o concurso da bandeira, mas nunca lhe pagou. Em abril de 2006, o desenho da bandeira foi atualizado, com o formato dos ramos de oliveira e sua cor ligeiramente alterados.
Muitos navios no mundo ostentam a bandeira cipriota, pois ela tem a terceira maior frota da União Europeia - 16% da frota total dos 25 estados-membros da UE. A capacidade da frota europeia aumentou desde que o Chipre aderiu à UE.