Depois de conquistar os territórios por volta de 1510, os uzbeques controlavam as áreas a sudeste do Mar de Aral. Por um longo período (de 1511 a 1740), eles usaram uma bandeira com fundo branco e um crescente azul no canto superior esquerdo.
Em 1785, foi criado o Emirado de Bukhara, que se tornou o segundo estado nas estepes ao norte e a leste do atual Uzbequistão. O território do emirado incluía várias regiões do atual Uzbequistão, Tajiquistão e Turcomenistão. Ele tinha sua própria bandeira com um fundo verde cercado por uma borda dourada e preta. No fundo verde, havia uma mão, uma lua crescente, uma estrela e inscrições. Em 1917, a bandeira do Emirado de Bukhara foi substituída por uma bandeira preta com um contorno verde e um crescente e uma estrela dourados. Em 1917, foi formada a Autonomia do Turquestão, que tinha sua própria bandeira - vermelha e azul com um crescente branco e uma estrela de cinco pontas.

Em setembro de 1920, Bukhara foi capturada e tornou-se a República Soviética Popular de Bukhara, com sua própria bandeira, composta por listras verdes e vermelhas, um crescente e uma estrela dourados e uma foice e um martelo cruzados dentro da estrela.
A República Socialista Soviética Autônoma do Turquestão tornou-se a primeira república autônoma soviética. A bandeira dessa república consistia em um campo vermelho com texto amarelo no canto superior esquerdo. Em 1921, a bandeira foi alterada com a adição de uma borda branca ao redor do texto.

Em 1922, o Uzbequistão tornou-se uma república da União das Repúblicas Socialistas Soviéticas e, em 1925, os territórios unidos tornaram-se a República Socialista Soviética Autônoma de Karakalpak e adotaram uma nova bandeira. Entre 1952 e 1991, a bandeira da SSR uzbeque foi alterada para vermelha com uma faixa azul no meio, emoldurada por duas finas faixas brancas, e um martelo e uma foice e uma estrela de cinco pontas no canto superior esquerdo.

Após o colapso da União Soviética em 1991, o Uzbequistão e o Caracalpaquistão tornaram-se países independentes com novas bandeiras. A bandeira do Karakalpakstan consistia em um tricolor horizontal - azul, dourado e verde - com duas listras vermelhas no meio e um crescente branco com cinco estrelas brancas no canto superior esquerdo. O Uzbequistão adotou uma nova bandeira em 1991, composta de azul, branco e verde com listras vermelhas em ambos os lados do branco e uma lua crescente com 12 estrelas no canto superior esquerdo. Ambas as bandeiras ainda estão em uso atualmente.