O Timor Leste não tinha sua própria bandeira nacional até ser incorporado ao Império Português. Uma bandeira semelhante à moderna foi usada pela primeira vez em 1702. Uma proposta para adotar uma versão modificada da bandeira portuguesa como símbolo do Timor Leste foi feita em 1965, mas não foi aceita por Portugal. Embora o país tenha declarado independência em 1975, sua bandeira foi hasteada apenas por um curto período, pois as tropas indonésias invadiram o país.

De 1976 a 1999, quando o Timor Leste fazia parte da Indonésia, foi usada a bandeira vermelha e branca da Indonésia. Durante o congresso constituinte em 1998, foi proposta uma nova bandeira de resistência contra a ocupação indonésia - o CNRT (Conselho Nacional de Resistência do Timor Leste), após o que a bandeira das Nações Unidas passou a ser hasteada sobre o país. Essa bandeira se tornou um símbolo temporário do país e, em 2002, foi decidido retornar à bandeira usada em 1975. Em 19 de maio de 2002, a bandeira da ONU foi substituída pela bandeira do Timor Leste.