As primeiras referências ao uso de bandeiras pelos ancestrais tajiques estão preservadas no Avesta. Por exemplo, no primeiro capítulo do Rig Veda, Bactria é caracterizada como “bela, com bandeiras erguidas bem alto”. Alguns pesquisadores sugerem que as bandeiras mencionadas no Avesta são semelhantes às famosas “bandeiras cavianas” de épocas posteriores ou ao antigo “vexillum” romano - bandeiras quadradas penduradas em uma barra horizontal presa a uma lança, como os modernos estandartes de igreja.
A República Socialista Soviética Autônoma do Tajiquistão foi estabelecida em 14 de outubro de 1924. De acordo com a resolução do Presidium do Comitê Executivo Central da ASSR tadjique de 23 de fevereiro de 1929, a bandeira nacional era um tecido vermelho com o emblema do estado no canto superior esquerdo, que consistia em uma dosa dourada (foice tadjique) e um martelo colocados em cruz com os braços para baixo e sobre uma estrela de cinco pontas, sobre a qual o sol nasce no céu azul por trás de montanhas cobertas de neve. A estrela é cercada por uma coroa de espigas de trigo à direita e um ramo de algodão à esquerda contra um fundo laranja. A coroa é amarrada na parte inferior com uma fita vermelha.
Abaixo da estrela há uma inscrição em russo: “Proletários de todos os países, uni-vos!”. Acima da estrela está o mesmo slogan em persa: “پرالتارهای همۀ جهان یک شوید”. Todas as inscrições estão dispostas em um semicírculo em uma fita dourada em forma de crescente.

No período de 1931 a 1946, a bandeira tinha um desenho semelhante e diferia pouco. Com a unificação da República do Tajiquistão e a adoção da nova Constituição em 25 de fevereiro de 1931, sua bandeira era um tecido vermelho com a inscrição “ÇSS Toçikiston”. Mais tarde, um martelo e uma foice foram adicionados à inscrição e, posteriormente, a inscrição foi alterada para o tajique “RSS Toçikiston” e o russo “Tajik SSR”.
De 1953 a 1991, a bandeira ganhou um novo visual. Ela agora era dividida em duas partes: a parte superior era vermelha com um martelo, uma foice e uma estrela acima, e a parte inferior tinha duas listras brancas e verdes, sendo a branca duas vezes mais larga que a verde. A cor branca simboliza o cultivo de algodão, e a cor verde simboliza outros produtos agrícolas.
Em 1991, todos os símbolos foram removidos da bandeira, deixando apenas a composição de cores, mudando o tom de vermelho para claro. Finalmente, em 24 de novembro de 1992, a bandeira adquiriu sua aparência moderna: um tricolor vermelho, branco e verde com uma coroa dourada e sete estrelas no meio.