De acordo com livros históricos, a bandeira mais antiga já criada para o Reino do Bahrein era apenas vermelha. No século XIX, por acordo com a Grã-Bretanha, o branco foi adicionado à cor da bandeira, mas sem a colocação de triângulos.

Em 1932, o governo acrescentou uma faixa branca recortada para distinguir a bandeira das bandeiras de Dubai, Ajman e da antiga bandeira de Abu Dhabi. Durante esse período, o número de triângulos era de 28, diminuindo em 1972 para oito, referindo-se ao número de guerras que ocorreram entre o Reino de Bahrein e seus países vizinhos. Em 17 de fevereiro de 2002, a bandeira do Reino de Bahrein foi alterada para a forma atual, com apenas cinco triângulos entre as duas cores, simbolizando o número de pilares da religião islâmica.