Período pré-colonial e o Reino do Daomé. Antes da chegada dos europeus, o território do atual Benim foi sede do poderoso Reino do Daomé (séculos XVII–XIX), com capital em Abomé. O reino não utilizava bandeiras ao estilo europeu, mas tinha uma rica tradição de tapeçarias em aplicação — painéis de tecido simbólicos que representavam reis e grandes acontecimentos, desempenhando uma função heráldica. Os célebres emblemas dos reis do Daomé — o leão, o tubarão e o búfalo — têm origem nesta tradição.
Colonização francesa (1894–1958). Em 1894, o Daomé foi definitivamente conquistado pela França e integrado na África Ocidental Francesa. Sobre o território hasteava-se a bandeira da República Francesa — a tricolor azul, branca e vermelha — e a colónia do Daomé não dispunha de bandeira própria.
Autonomia e nascimento da bandeira nacional (1958–1959). A 4 de dezembro de 1958, o Daomé tornou-se uma república autónoma no seio da Comunidade Francesa. Menos de um ano depois, a 16 de novembro de 1959, a Assembleia Constituinte aprovou o desenho atual. A escolha das cores pan-africanas remetia deliberadamente para a Etiópia, símbolo da liberdade africana, e para o Gana, que se havia tornado independente em 1957.
Independência em 1960. A 1 de agosto de 1960, o Daomé proclamou a sua independência de França, e a bandeira adotada no ano anterior passou automaticamente a ser a do Estado. Os primeiros anos de independência foram marcados por uma série de golpes militares, mas a bandeira permaneceu inalterada.
República Popular do Benim (1975–1990). A 30 de novembro de 1975, o regime de Mathieu Kérékou, que chegara ao poder com o golpe de 1972, proclamou a República Popular do Benim e adotou o marxismo-leninismo como ideologia oficial. O antigo nome «Daomé» foi substituído por «Benim» (em referência à histórica baía, e não à cidade nigeriana), e a bandeira foi totalmente modificada: passou a ser inteiramente verde com uma estrela vermelha de cinco pontas no cantão superior junto à tralha — símbolo da revolução e do «futuro socialista» do país. Esta bandeira foi utilizada durante quase quinze anos.
Restauração da bandeira em 1990. No final da década de 1980, o regime confrontou-se com uma grave crise económica e amplos movimentos de protesto. Em fevereiro de 1990, a Conferência Nacional das Forças Vivas da Nação, realizada em Cotonu, desmantelou de facto o sistema de partido único. A 1 de agosto de 1990, no trigésimo aniversário da independência, o país restaurou oficialmente a bandeira de 1959, sem qualquer alteração. Este gesto simbolizou uma rutura clara com o período marxista e um regresso aos ideais originais da independência.
Situação atual. A bandeira não sofreu alterações desde 1990. O seu desenho está consagrado na Constituição beninense de 1990 e na legislação relativa aos símbolos do Estado. A par da bandeira, o país utiliza também as armas do Benim e o hino «L'Aube nouvelle» («A Nova Aurora») como símbolos oficiais.
